遣唐使制度之所以被废止，除唐政局动**以外，还因经过两百多年的引进移植唐代文化，日本已基本上完成自我进步，并在此基础上萌生了具有日本特色的本国文化，因此对中国文化学习的需求已不那么迫切。何况，每次遣唐活动耗费巨大，路途艰辛也让使臣心存畏惧。唐朝赴日贸易不断增加，客观上可以弥补以前靠遣唐使捎带唐货的需求。在这些因素的共同作用下，894年，宇多天皇接受了菅原道真的奏请，第二年正式宣布停派遣唐使。从那时起，日本开启了国风文化时代，平假名和片假名开始盛行。
在学习的过程中，日本并没有放弃对中国教师地位的挑战。
龙朔三年（663年），天智天皇以援助朝鲜半岛的百济为名，命人率日军精锐两万七千余人向新罗发起进攻。日军进展顺利，夺取了沙鼻歧、奴江二城，切断了唐军与新罗的联系。
九月初八，庐原君臣率水军万余人渡海而来，准备在白江口登陆。唐军大将刘仁轨领兵率先到达白江口。二十七日，日本水军也从海上抵达白江口，两军遭遇。当时唐朝水军为七千余人，战船一百七十艘；日本水军万余，战船一千多艘（从这些数据可看出，唐水军舰船比日军舰船更大）。二十八日，日本诸将和百济王与唐朝水军初战，被击败。但日军仍盲目地高估自己的实力，错误地认为“我等争先，彼应自退”（《日本书纪》卷二十七《天命开别天皇》），于是未加整顿部署，不观天气变化，便“率日本乱伍中军之卒，进打大唐坚阵之军”。这场主动进攻给日军带来了灾难性后果，战船被毁四百多艘。百济再次得以平定，只有迟受信据守任存城不降。
白江口海战是中国古代战争史上一次大规模的海战，陆上日本军队闻讯大惊。“相谓之曰：‘州柔（即周留）降矣，事无奈何。百济之名绝于今日，丘墓之所，岂可复往？’”天智天皇深恐唐军进攻本土，自664年开始在日本国内耗费巨资修筑了四道防线，以备唐军渡海入侵。
后来抗战中，学者傅斯年对罗家伦说，生了孩子要取名仁轨。有人追问，他说：“中国第一个在朝鲜取得对日作战胜利的人，就是唐朝的大将刘仁轨啊。”
值得玩味的是，日本“去中国化”刚好一千年后，便在甲午战争中击败了中国。
中日矛盾在19世纪70年代再次抬头。清光绪元年（1875年）五月，日本政府借口琉球船民在台湾避风为高山族人所杀（当时日本已将琉球视为宗藩体系属国），命中将西乡从道担任台湾事务都督，带领三千六百人登陆台南，企图全面控制台湾。作为应对，清廷委派沈葆桢为钦差、办理台湾等处海防兼理各国事务大臣。
1875年6月14日，“安澜”、“伏波”、“飞云”、“万年清”和“济安”各舰船在闽海集结成队。沈葆桢率领法国船政监督日意格、布政司潘霖、帮办斯恭塞格等随员出发，三天即抵达台湾。潘霖、日意格直接和西乡从道谈判。与此同时，沈葆桢本人加强防御工事，协调海陆军队积极备战，光是利用舰船运兵，很快就有超过一万军士渡海到达台湾。这样，清廷驻台陆海军总兵力明显超过了日军。
在实力上占优后，沈葆桢才施展自己的外交手段。他与日本司令官西乡从道相见时说，中日两国海军尚在萌芽状态，如果贸然开战，西方列强会看清双方底蕴，对彼此都是损失。他建议说，不如各自撤军，“二十年之后再见高下。”西乡从道“大为感动”（其实是不打无必胜之仗），于是罢兵北归。此后二十年，沈葆桢为筹措海军军费绞尽脑汁，而慈禧太后却挪用北洋军费修筑颐和园，南洋军费也被左宗棠移去治理河工。二十年后甲午一战，清兵果然大败。
1875年日军从台湾撤军，占尽了便宜。柳原前光、大久保利通当时相继抵北京谈判，清廷被讹诈五十万两白银。加上考虑到沈葆桢所说不无道理，日军这才撤兵台湾。通过这次交手，清政府的底牌已经被日本看得一清二楚。
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