六祖之碑铭及《坛经序》中有最难笺注者三处。王摩诘所撰《六祖碑铭》中之“泉馆”二字。余注曰：“泉馆”即“渊馆”也。筑馆于重渊之下，犹言穴居也。唐人避高祖讳，故改“渊”为“泉”。当时颇以未得确证为憾。后偶阅袁褧仿宋本《六臣注文选》中郭璞《江赋》：“渊客筑室于岩底，鲛人构馆于悬流。”原注曰：“渊客，鲛人，皆水中居，故筑室构舍于岩流之下。”此即泉馆之出处也。他日当为补入注中。又法海《坛经略序》中之“此地乃生龙白象来脉，只可平天，不可平地”三句，又德异《坛经序》中之“末上”二字。此三处皆不易笺注，学者慎勿滑过。“达摩”或作“达磨”，“惠能”或作“慧能”，皆可通用。第七品中之“羊鹿牛车”，近时新刻本改为“羊鹿之车”，大谬！万不可用。不知《法华经》中共分四车，曰羊车、鹿车、牛车、白牛车耶？此略举之，其说详载注中。
数年前有客问余曰：《坛经》第一品中，“韦刺史与官僚入山，请师出”，此山何名也？又问第七品中，“师振锡卓地，泉应手而出”，此泉何名也？第十品中“嗣法四十三人”，其名详于何书？何名也？余于时不能答，旁有座客代余答曰：此乃考据文字，于明心见性毫无交涉也。然余终以不知此答为憾。近来阅书稍稍留意，积久则此山与泉及四十三人皆确知其名。已详载《坛经》注中矣。
注中偶有重复之处，因经中往往有极机警、极爽利之话头，与极确实之理解，非仍引前注不能了然者，故又重复而用之。非若专门名辞，前已注过者，则每用注见前，或详见前注，可以了之。若理论则反，不如径将前注仍注一番，学者既省检查之劳，又获熟读之益。故注者不避重复之诮也。
《说铃》为说部丛书，内有《现果随录》一种，其九十一则载：江北沈生，幼厕黉宫，恃才妄作。读书萧寺中，见《六祖坛经》，妄举朱笔涂抹。回家暴亡。示梦于父曰：吾以涂抹《坛经》，现在地狱，身带火枷，苦楚难忍。父为我到寺读书处，寻出《坛经》，洗去涂痕，庶可脱苦。父悲痛不胜，入寺搜访，果见原本，急洗去旧痕，并发心重刻一部流通，为子忏罪。
唐释法才《光孝寺瘗发塔记》：“佛祖兴世，信非偶然。昔宋朝求那跋陀三藏，建兹戒坛，豫谶曰：后当有肉身菩萨，受戒于此。梁天监元年，又有梵僧智药三藏，航海而至，自西竺持来菩提树一株，植于戒坛前，立碑云：吾过后一百六十年，当有肉身菩萨来此树下，开演上乘，度无量众，真传佛心印之法王也。今慧能禅师，正月八日抵此，因论风幡语，而与宗法师说无上道。宗踊跃忻庆，昔所未闻。遂诘得法端由。于十五日，普会四众，为师祝发。二月八日，集诸名德，受具足戒。既而于菩提树下，开单传宗旨，一如昔谶。法才遂募众缘，建兹浮屠，瘗禅师发。一旦落成，八面严洁；腾空七层，端如涌出。伟欤禅师，法力之厚，弹指即遂。万古嘉猷，巍然不磨。聊叙梗概，以纪月岁云。仪凤元年，岁次丙子，吾佛生日。法性寺住持法才谨识。”
《肇庆府志》曰：永宁寺在县（新兴县）南琅村旁，相传为六祖辞母处，旁有辞母石。又曰，六祖庵在县（四会县）东扶庐山下，六祖尝避难隐于此。后人因建庵祀之。
《广东通志》曰：光孝寺在南海县西北一里，相传六祖祝发于此。《图经》云，本乾明、法性二寺，后并为一。刘宋永初间，陀罗三藏飞锡至此，指诃子树曰：“此西番诃梨勒果之林，宜曰诃林。”遂创戒坛。预谶曰：“后当有肉身菩萨，于此受戒。”梁天监元年，智药三藏自西竺国持菩提一株植于坛前。唐仪凤元年，六祖慧能祝发树下。因论风幡，建风幡堂。宋太祖改为“乾明禅院”。绍兴二十年，改为“报恩广孝寺”。后易今名。咸淳五年重修，元明屡经修建。有睡佛阁，国朝顺治六年，僧今盌修。康熙十一年，东莞人蔡元真，以寺颓废，请平靖两藩重新之，有牌记。寺又名法性寺，有米元章书三世佛名。稍北为六祖殿，前为菩提坛，坛侧为发塔，其东南为达摩井，西为五祖殿。循廊而东，为风幡堂，堂前有池泓然。
《坛经》正统刻本卷尾有无名氏跋语一则，近世已无传本。语颇详实，故附录于下。其辞曰：宋太祖开国之初，王师平南海。刘氏残兵作梗，师之塔庙，鞠为煨烬。而真身为守塔僧保护，一无所损。寻有制兴修，功未竟。会宋太宗即位，留心禅门，诏新师塔七层，加谥“大鉴真空禅师太平兴国之塔”。宋仁宗天圣十年，具安舆，迎师真身及衣钵入大内供养，加谥“大鉴真空普觉禅师”。宋神宗加谥“大鉴真空普觉圆明禅师”。本州复兴梵刹。事迹元献公晏殊所作《碑记》具载。六祖禅师，自唐开元元年癸丑岁示寂，至大元至元二十七年庚寅岁，已得五百七十八年矣。自大元至元二十七年庚寅岁，至大明正统四年，已得六百八十年矣。时正统四年岁次已未仲秋八月中元日重刊。
莲池大师曰：大鉴能禅师，世称南宗。大通秀禅师，世称北宗。然黄梅衣钵，不付“时时勤拂拭”之大通，而独付“本来无一物”之大鉴，何《宗镜录》谓大鉴止具一只眼，大通则双眼圆明？如是，何以不得衣钵？夫曹溪亲接黄梅，远承达磨，又远之承迦叶，又远之承释迦。乃永明传道于天台韶国师，而为此说者，何也？抑随时救弊之说也。昔人言晋宋以来，竞以禅观相高，而不复知“直指人心，见性成佛”之旨。故初祖西来，至永明时，又或以为一悟即了。故《宗镜》及《万善同归》等书，力赞修持。则似乎南宗专于顿悟，而北宗顿悟渐修，智行双备，故有只眼、双眼之喻。高松老人独奋笔曰：此一只眼，是之谓尽大地是沙门一只眼也，是之谓把定乾坤眼也，是之谓顶门金刚眼也。倘新学辈诸浅见者，执《宗镜》所云，作实法会，则大鉴止是空谛，而大通方始是中道第一义谛，可乎？或曰：曹溪六代传衣，举世靡不知之。而当是时，何为惟见两京法主二帝门师？北宗大著于天下，而不及曹溪者，又何也？曰：曹溪既承印记，秘其衣钵，为猎人守网，潜光匿彩，至于一十六年。大通之道盛行，曹溪之名未显也。迨风幡之对，而后道播万世矣。曹溪潜龙深渊，不自炫耀。大通见龙在田，不自满盈。其言曰：彼亲传吾师钵者也。盖善知识之相与以有成也如是。（《竹窗三笔》）
唐圭峰禅师曰：此方迷心执文，以名为体。故达摩善巧，拣文传心，标举其名（心是名也），默示其体（知是心也），喻以壁观（如上所叙），令绝诸缘。问：诸缘绝时，有断灭否？答：虽绝诸念，亦不断灭。问：以何证验，云不断灭？答：了了自知，言不可及。师即印云，只此是自性清净心，更勿疑也。若所答不契，即但遮诸非，更令观达。毕竟不与他先言知字，直待自悟，方验实是亲证其体，然后印之，令绝余疑。故云默传心印。所言默者，唯默知字，非总不言。六代相传，皆如此也。至荷泽时，他宗竞播，欲求默契，不遇机缘。又思惟达摩悬丝之记（达摩云，我法第六代后，命如悬丝），恐宗旨灭绝，遂明言知之一字众妙之门，任学者悟之浅深，且务图宗教不断，亦是此国大法运数所至，一类道俗合得普闻，故感应如是。
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