本书出版后，受到维也纳和德国许多人的严厉责难，13年中只销售了626册。本来布洛伊尔对弗洛伊德坚持性冲动在癔症病因中的决定作用的观点是有疑义的。在弗洛伊德看来，一个有着正常**的人就不会患神经症。而布洛伊尔认为任何创伤性的记忆（不仅仅是性方面的）都可能被压抑而引起神经症症状。但在弗洛伊德多次要求下他很勉强地同意出版了该书，出版后遭到的冷落和批评，布洛伊尔更感到伤心。但弗洛伊德却一笑置之。这样，本书的出版就成了他们十多年来的友谊破裂的开始，到了1898年前后，他俩不但未能和解反而分道扬镳了。
2.《科学心理学设计》
本文是弗洛伊德早期勾画的一个原始理想的心理学理论模式，也是精神分析学生成的一个重要的思想基础。
弗洛伊德深受布吕克的生理学的物理主义、赫尔姆霍茨的生理学、能量守恒定律、达尔文进化论的影响。他在开始治疗神经症的过程中，曾设想以赫尔姆霍茨的生理学概念，将生理学与心理学联接起来，用一种以神经生理学为基础的精神能量，解释变态和常态共同具有的心理过程。
弗洛伊德在与威廉·弗利斯（）从1895年4月开始连续的信件中，表明了其依据进化论、能量守恒定律，在脑生理学的基础上构建心理学理论模式的早期构想。信中说明弗洛伊德在两三个星期中写下了这篇科学心理学设想的初稿，他在1895年10月2日的信中兴奋地写道：“……一切事情似乎都配合无间，齿轮啮合，给人的印象是好像一部机器就会自动运转了。神经元的三个系统，量的自由和约束，原发性和继发性过程，神经系统的重要和谐与倾向，注意和防御的两个生物学原则，质的指征，现实与思想，精神性欲状态，压抑的决定作用，以及最后，作为知觉功能的意识的决定因素——这一切都配合无间而且将继续地配合下去……”
本文共分三部分：（1）一般方案；（2）心理病理学；（3）正常Ψ过程的表述。第一和第二部分着重阐述理论基础。第三部分为临床资料，已深入到性的领域。弗洛伊德对本文苦思冥想的兴奋仅是昙花一现，到11月8日他在给弗利斯的信中自称已无力解决这一复杂的精神能量问题，便将此稿搁置，未予发表，且欲焚毁。此稿直到1950年才被重新发现发表，1954年译为英文。
研究者发现，试图建立一个心灵的神经生理学（医学）模型失败之后，弗洛伊德转向了心理学模型，开始建构精神分析学。萨金和弗莱明指出，尽管弗洛伊德的《科学心理学的设计》一文没有成功，但它所包含的许多概念都将在精神分析研究中出现。如《癔症研究》（1895）、《释梦》（1900）、《性学三论》（1905）、《超越快乐原则》（1920）、《自我与本我》（1923）等著作中的理论框架和重要概念（守恒性原则、能量贯注、释放、原发性、继发性、愿望实现、梦的分析、潜意识与意识等等），均可在这部著作中找到来源。因此，《科学心理学的设计》是弗洛伊德思想新的转折点，是精神分析学的雏形。
值得注意的是，弗洛伊德在此稿中想解决的能量问题，究竟是物理的还是精神的，他本人终其一生都承认未获解决。通常说弗洛伊德是一个精神决定论者，但在此稿中可看出他最初乃是一个赫尔姆霍茨和毕希纳（，1824~1899）式的机械唯物主义者，后来才转向生物主义和心理主义的。
（三）精神分析学形成时期（1900~1909）
如果说19世纪80至90年代是弗洛伊德精神分析学准备和奠基的时期，那么到了20世纪头十年则是精神分析学体系形成、弗洛伊德成名之始的时期。
在这个时期，弗洛伊德有四部重要的著作：
1.《释梦》（亦译《梦的解析》、《梦的释义》）
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弗洛伊德抑制、症状与焦虑