1883年5月，弗洛伊德转到梅纳特精神病治疗所，升任副医师（或译“助理医师”，Sekundararzt）。梅纳特是著名的精神病学家和脑解剖学家，他既任综合医院精神科主任，又兼任维也纳大学医学院临床系主任。这样，梅纳特既可在大学从事大脑研究，又可在医院从事临床治疗。弗洛伊德在医学院学习时，就非常喜欢听梅纳特教授的课，他对梅纳特极为崇拜。梅纳特也一直很喜欢弗洛伊德这个既好学又有才华的年轻人。在精神科五个月的临床工作中，他研究男性精神病患者两个月，研究女性精神病患者三个月，弗洛伊德第一次获得了治疗精神病的知识和方法（如电疗、冷热水浴、溴化物镇静剂等），显露出从事精神病研究工作的卓越才能。在此期间，弗洛伊德深受梅纳特高尚品质的感染和精湛造诣的熏陶。看来，对弗洛伊德的重要影响有两项：其一，重视精神疾病的生理机制和生理解剖的科学研究。梅纳特一再指出：“所有情绪紊乱和精神失常都是由生理性疾病造成的，没有别的任何原因。”他呼吁同行关注大脑皮质，认为这是“大脑中发挥个性形成功能的部分”。他从鼹鼠和蝙蝠开始，做了一百多种动物大脑功能定位的研究，认为自己的贡献在于“大力促进了解剖定位的发展”。当然，忽视精神致病作用、把一切疾病均归结为器质性疾病（organicdisease）的器质派的医学观并非科学，但重视一切疾病生理基础的研究是有积极意义的。这一点，对弗洛伊德早期曾有所影响。当同一个实验室的美国同事伯纳德·萨克斯（BernardSachs）常常喜欢用“精神疾病”（mentaldisease）一词，弗洛伊德对他说：“伯纳德，你在显微镜下面看到的不是人类精神的切片，而是大脑的切片。”弗洛伊德成为大脑解剖实验室的一名活跃的工作者，并进一步取得脑解剖学的研究成果，恐怕和这种思想不无关系。其二，关注潜意识和变态心理的研究。梅纳特对大脑神经错乱症颇有研究，在医学上把这种病例命名为“梅纳特精神错乱症”（Meynert’samentia）。该病患者有严重的幻觉出现，以致精神错乱、意识颠倒，由此他对“愿望满足”（wishfulfilment）有了一个自己的概念。这是弗洛伊德研究潜意识及各种变态心理现象的开端。
1883年10月1日，弗洛伊德转到皮肤科。他当天去上班时，收到年轻的马克西米连·冯·蔡塞尔（MaximilianvonZeisel）的迎接，他的父亲冯·蔡塞尔教授直到一年前一直是皮肤科的主任。该科分为两大部门：一个是专治普通皮肤病的；另一个是专治梅毒和传染性皮肤病的。弗洛伊德选择了后者，因为梅毒病症同其他各种神经系统的疾病有密切的关系。不过，他只能为男性患者治疗，而不能接触到女患者。在此期间，弗洛伊德学会了治疗梅毒的一些方法：（1）往洗澡水里倒一定比例的水银。（2）皮肤病肺脏疗法，亦称呼吸疗法，即让病人站进一个密封的小房间内，关上门，让一硫化汞或升汞等制成的药片在里面燃烧，可消灭患者肺脏里的病毒。（3）消化道疗法，即给病人服用金属汞、蓝色的二氯化汞片剂或橘子皮糖浆调制的碘化钾等。（4）适当的时候给病人服泻药。（5）冯·蔡塞尔配制金、银或铜等金属溶液。弗洛伊德在皮肤科的工作不太重，但他仍然埋头苦干，白天在医院查病房，到入院处值班，每周参加两次会诊，剩下的时间他去梅纳特实验室从事研究工作，晚上就在宿舍里阅读各种书刊。
在三个月皮肤科工作中，弗洛伊德还同时担任了耳鼻咽喉科的诊疗工作。他第一次感到自己笨手笨脚，实际操作医疗设备的能力较差。
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