1884年1月起到1885年2月止，弗洛伊德在神经科工作了14个月。这个科为第4科，是疑难病症集中的地方，特别是综合医院中心难以处理的各种精神病患者的场所。因经费是由奥地利区和维也纳市政府共同维持的，故必须接受全市和郊区各村任何一个想要入院治疗的人。弗兰茨·舒尔兹（Scholz）博士是科主任。该科有5个病区，113张病床。患者多，病种杂，经费少，比弗洛伊德大6岁的一等助理医师约瑟夫·波拉克（JosephPollock）说：“只要你的治疗方法不费钱，主任舒尔兹就会放手让你干。”不管怎么说，弗洛伊德进了神经科，他十分高兴。他的朋友布洛伊尔认为，只有在这个科里他会有最大的机会。但这毕竟是一个急转弯，这个科条件比较差，不但没有教学、讲座、示范，甚至连实验室都没有。但弗洛伊德却认认真真地工作。每天早晨起得很早，9时半之前查完房，10时去梅纳特实验室从事研究。午饭后，他再一次查房，到5时结束。然后边吃饭边看书学习。晚饭后又去梅纳特实验室，一直工作至深夜。7月，弗洛伊德被任命为神经科的医长，他要负责一百多名病人，管理十个护士、两位副医师和一位助理医师（或称实习医师）。在此期间，参与或单独治疗过面部麻痹、败血症、脑出血、肢端巨大症、中风、癔症等病症，特别是用蒸馏水、糖丸等暗示疗法治好过癔症性截瘫患者，这一切使弗洛伊德学会了治疗神经系统疾病的基本知识和方法，为他后来独立开设私人诊所打下了必要的基础。
1885年3月，弗洛伊德满怀怨恨地转到眼科。本来弗洛伊德很愿意在神经科工作，但因主任舒尔兹是一位心地狭窄、无所作为的医生，生怕弗洛伊德在神经病方面的研究成果迟早取代自己主任的职位，故迫使弗洛伊德被调走。在神经科时，通过实验和观察他就已知道可卡因具有提神、振奋、止痛、麻醉、上瘾等功能。到了眼科以后，弗洛伊德又建议可卡因可作为眼科手术的麻醉剂。1885年4月，弗洛伊德的父亲的一只眼患病，几乎失明。弗洛伊德与他的朋友、眼科医生柯勒一起去诊断。他们诊断是青光眼（glaucoma）。第二天，弗洛伊德请眼科专家、他毕生的朋友克尼斯坦（LeopoldKnigstein，1850~1924）教授给他父亲的青光眼动手术。手术时，弗洛伊德协助柯勒上可卡因麻醉药，克尼斯坦主刀做了手术。弗洛伊德为自己能与同事们一起，使用可卡因给父亲做了成功的眼科手术，非常高兴。弗洛伊德在给玛莎的信中说：“只要再来一次这样的好运气，我们就可以考虑成家了。”弗洛伊德在眼科工作了三个月，又转到皮肤科。在此之前，奥柏尔斯泰纳（Obersteiner）请弗洛伊德到维也纳郊外的奥柏尔道柏林（Oberdbling）兼任私人精神病院的临时代理医师，这样，他可以增加一些收入，其负责人是莱德斯道尔夫（Leidesdorf）教授。弗洛伊德很喜欢这里的工作，其实这是一个处于优美山区和森林自然环境中的疗养院。院内有60个病人，其中，就有拿破仑三世的皇后玛丽·路易斯（MaryLouise）的儿子，他患有严重的躁狂症（maenas）。当弗洛伊德征求玛莎的意见把未来的家庭安排在这里时，突然接到赴法国留学的通知。这样，1885年秋就成为弗洛伊德从事医学生涯后又一个新的转折点，即走向专门研究神经症和精神分析学的开端。
1886年2月，弗洛伊德赴巴黎留学回国时，绕道柏林，逗留了一个月的时间。可能有两个原因：一是按弗洛伊德在神经科的临床经验和科研成果，他完全有资格在维也纳大学医学院精神病和神经病诊疗所担任要职。但是，他获悉因种族歧视的关系，他无望在那里任职。二是来法国留学前，维也纳一家公立儿童医院院长卡索维茨（MaxKassowitz，1842~1913）想请他负责儿童神经科的工作。所以，弗洛伊德到柏林后专门拜访了弗里德利希皇家医院院长、儿科教授巴金斯基（AdolfBaginsky，1843~1918），受到他的热情的接待和帮助。弗洛伊德除了解儿童常见疾病方面的知识之外，他还和巴金斯基博士，以及慈善医院神经病与精神病科罗伯特·汤姆森（RobertThomson）博士和海尔曼·奥本海姆（HellmanOppenheim）博士一起还做了一些研究。弗洛伊德还为巴金斯基编辑《儿童医学杂志》提供过神经学方面的文稿。后来，弗洛伊德在卡索维茨的医院刊物上发表过几篇颇有分量的论文，专门论述幼儿大脑单双侧麻痹症。由于这个缘故，维也纳大学医学院诺斯纳格教授后来（1897）让弗洛伊德在他的巨著《普通与特殊疾病治疗手册》中负责这一专题的撰写。回到维也纳以后，弗洛伊德正式担任儿科疾病研究所神经科主任多年。
与此同时，1886年4月，弗洛伊德正式开业行医。布洛伊尔主张开始收费要低些，甚至穷人可以免费治疗，弗洛伊德听了很泄气。尽管做了广告宣传，挂上了金字招牌，但头几个月患者寥寥无几，收入极其有限。由于玛莎处处表现出忍让、俭朴和顾全大局，弗洛伊德在生活上的困难才不至于影响他的工作。随着弗洛伊德事业的发展，他不仅个人享誉世界，而且家庭幸福美满。但这段贫困的生活他们却永远没有忘记。
（二）开展神经组织学与神经病理学研究
在维也纳综合医院三年工作中，虽然弗洛伊德连续地从该院的一个部门转到另一个部门，但他始终坚持两手抓，边工作，边研究。其中，工作的重点始终是神经系统的疾病，而业余时间研究的重点则是有关神经系统方面的生理结构和功能。
过去和布吕克教授在一起时主要从事最低等的鱼类的脊椎研究，曾发表《鳗鱼的生殖腺的形态与构造》（1877）、《八目鳗神经节细胞》（1878）、《蝲蛄的神经纤维及神经细胞的结构》（1882）、《神经系统的基本结构》（1882）等论文。
现在开始转向人类中枢神经系统的研究。弗洛伊德在著名神经学家梅纳特和布吕克的领导下，先后研究了神经纤维、神经细胞、神经错乱，以及他独自研究麻醉神经的可卡因，均取得重要的成果。
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