如果说作为艺术家对他父亲的模仿是无益的，那么早在童年时期他对父亲的反抗就决定了他在科学研究领域同样能获得杰出的成就。米莱茨可夫斯基做了一个令人钦佩的明喻（1903）：列奥纳多像一个在黑夜中醒得太早的人，这时其他人都还睡着呢！他还勇敢地做了一个大胆的断言，并且所有的独立研究都证实了这个断言的正确性：“一个人当出现不同观点，求助于权威时，那这个人不是用理性工作，而是用记忆工作。”列奥纳多成了第一位现代自然科学家，他也成了希腊时代以来第一位只通过观察和自己的判断来探索自然秘密的人，他的胆量使他产生了大量的发明和具有启发性的思想。他教诲人们必须轻视权威及抛弃对“古人”的模仿，坚持主张对自然的研究是所有真理的源泉，指出在人可能达到的最高理想中，只是重复着一面（one—side）的观点，并且当他还是个小孩子，好奇地注视着这个世界的时候，他就已经具有这个观点了。如果我们把科学的抽象概念转到个人的具体经验，我们看到的是“古人和权威仅与他的父亲相呼应，大自然则再一次变成哺育了他的温柔、慈善的母亲。在许多其他人身上，如此强烈地需要来自某类权威的支持，以至于那个权威受到了威胁，他们的世界就开始崩溃，这一点今天与原始时期是相同的。只有列奥纳多能够免于这种支持，假如在他生命的最初期他没有学会在缺少父亲的情形下生活，他就做不到这一点。正因为有了这样一个先决条件，才有他后来的大胆的、独立的科学研究，童年的性探索没受到他父亲的压抑而存在着，后来就成了排斥性成分的延续的探索。
当一个人像列奥纳多一样在他童年的最早期就摆脱父亲的恫吓，并在他的研究中摆脱了权威的束缚，而我们发现他仍是一位虔诚的信徒，无法摆脱宗教的束缚，这与我们希望的情况就全然不同了。精神分析学使我们熟悉了父亲情结和对上帝的信仰之间的内在联系，它向我们显示出，一个个人的上帝，从心理的角度来说就是一个高尚的父亲。每天我们都在获得有关这点的证据：一旦当父亲的权威在年轻人心里破除时，他们便失去了宗教信仰。所以我们认为，宗教需要扎根于父母情结中。全能而又公正的上帝，仁慈的大自然，在我们看来是父母亲的崇高升华，或者说是关于父母的概念在小孩子心目中的再生。按生物学的观点来讲，宗教应溯源到小孩子的长期的无助和对帮助的需要。当他在以后生活里的某一日，知觉到在生活强大的力量面前他是怎样的弱小和没有指望，感觉到自己的情形与童年时一样，就试着用回复那种保护了他婴儿时期的力量来掩盖自己的失望。宗教把对精神病的预防赐予信仰宗教的人，这种预防很容易得出解释：个人的罪疚感和人类的罪疚感都源于父母情结，宗教启动了这个情结，并通过它来解决罪疚感，而不信教的人必须自己解决这个问题。
列奥纳多的实例似乎表明了这种宗教信仰的观点并没被误解。在他还活着的时候，就有人指控他不信教或说背叛基督教（那时二者是一回事）。关于这些在瓦萨利（1550）为他写的第一本传记中有明确的记载。瓦萨利在他的《生活》第2版（1568）中删去了这方面的论述。因为在他那个时代宗教问题极为敏感，我们完全能够理解为什么列奥纳多甚至在笔记本上也不直接表明他对基督教的态度。在他的研究中，他不能容忍自己被《圣经》中创世的描写引向最小偏差的歧途。如，他对宇宙洪水的可能性表示怀疑，在地质学上他计算了成千上万年的期限，这种一丝不苟的精神比现代人毫不逊色。
在他的“预言”中，有一些事情肯定会触犯基督教信徒的敏感的感情。例如，“关于对着圣徒们的肖像进行祈祷。”
“人们对着那些全无察觉，睁着眼睛看不见任何东西的人说话，人们跟他们交谈，却没有得到回答，人们向那些长着耳朵的却什么也听不见的人乞求恩赐；人们为瞎子点灯。”（赫茨菲尔德，1906，第292页）
或者，关于“耶稣受难日的悼念”。
“在欧洲的每个地方，无数的人为死在东方的一个单身汉而哭泣。”
关于列奥纳多的艺术的观点我们已经有过描述。他从神圣的形象中把它们与教会之间联系的最后残迹除去，并赋予它们人生，把人类伟大而美好的情感通过它们表现出来。莫瑟称赞他克服了当时流行的颓废情绪，恢复了人的感官快乐和享受生活的权利。在那些显示出了列奥纳多是怎样倾心于大自然奥秘的研究笔记中，总会有些段落表现了他对造物主，一切奥秘的最终源泉的赞美；但是没有什么话语表明他愿意与这个非凡的力量维系任何的个人关系。他晚年的一些深刻睿智的见解流露出他乐于服从于自然的法则，而且不期望自身的痛苦从上帝的仁慈和恩典中得到解脱。毋庸置疑，列奥纳多战胜了教条的和个人的宗教，他通过自己的研究工作背离了基督教信徒观察世界的立场。
前面提到的我们对儿童精神生活的发展已达到的那些发现，使我们想到在列奥纳多童年时期最初的探索中，也涉及到了性欲问题。的确，通过把对热切希望和秃鹫幻想结合起来，通过选择鸟儿飞翔问题作为他注定要关心的问题——这是一系列特殊境况的结果——他用显而易见的伪装把这境况泄露出来。在他的笔记中有一段有关鸟儿飞翔的十分模糊的记述，似乎是一种预言，极好地表达了感情色彩很浓的兴趣。正是这种兴趣，使他醉心于如何模仿鸟的飞行技术来取得成功：“伟大的鸟的第一次飞行将从‘大天鹅’的背上开始，它会使整个的世界为之震惊，使所有描写它的文章给它赞誉，它给自己的诞生地带来永恒的光辉。”他可能希望自己有一天能够飞翔，我们从能实现愿望的梦里了解到巨大的幸福来自于愿望的实现。
然而，为什么许多人都会梦到自己能够飞呢？精神分析学这样回答的：飞翔或者成为一只鸟，只是另一种希望的乔装打扮，这比梦见无论是词还是实物的一座桥，都更能使我们认识到那种希望究竟是什么。当我们想到，人们常告诉爱提问的孩子，婴儿是由像鹳那样的大鸟带来的；当我们发现，古人把男性**形容成有翅膀的；当我们得知，男性的性活动在德语中最通常的表述是“vgeln”［德语的鸟是“Vogel”］；在意大利语中男性器官实际上被称为“l’uccello”［“鸟”］；所有这些都只是有联系的整体思想中的片断，从这个思想中我们明白了，梦中期望能飞只能被理解为渴望性行为。这是婴儿早期的一种愿望。当一个成年人回忆起自己的童年的时候，对他来说那似乎是一段幸福的时光，在那时他尽情欢乐，对未来不做任何打算，正是因为如此，他那样羡慕孩子们。但是，如果孩子们能亲自告诉我们一些早期的信息，也许将会是一个不同的故事。童年似乎不是幸福快乐的诗歌，只是我们在回忆中歪曲了它。正相反，经过几年的童年生活，孩子们受到要长大的愿望驱使，要做大人的事情。这个愿望是他们所有游戏的动机。无论怎样，孩子们在自己性研究过程中感到，在这个如此神秘并重要的范围内，有些事很神奇，可那是成年人的事情，却不允许他们去做，也不让他们知道。这使他们充满能做那样子的强烈渴望，他们梦到它正在飞翔，或者他们准备着把经过伪装的愿望放到以后的梦里去。因此，最终在我们的今天实现了航空，这同样可以找到在婴儿性欲方面的根源。
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