宗喀巴既建甘丹寺后，势力增大，自是有所谓达赖、班禅二喇嘛者；渐开宗教政治之端绪。又此二喇嘛，虽谓始自宗喀巴之二弟子；实则所谓达赖喇嘛者，起于敦根珠巴；敦根珠巴建一寺于拉萨，与宗喀巴同时，且年或稍长西历纪元一千三百九十一年—一千四百七十五年，其所建寺，即布达拉寺布达拉在拉萨近旁，布达拉即补陀落，观音之净土；达赖喇嘛，古来信为观音化身；盖西藏人自信其国土与观音有缘，且为观音之所守护者。敦根珠巴，后又建寺于札什伦布居之；受班禅林薄溪之尊称，此即班禅喇嘛系统之始。布达拉寺，凡历根敦嘉穆错、琐南嘉穆错、云丹嘉穆错，至第五世喇嘛罗卜藏嘉穆错，清初人也。西历一千六百十七年——一千六百八十二年，其与清交通，在太宗崇德年间，喇嘛遣使盛京；太宗亦遣使西藏，以达赖、班禅二喇嘛为金刚大士，即其发端也。盖西藏分前藏喀木，或察木多、中藏即卫拉萨、后藏单称藏曰札什伦布，即此。青海四大部：蒙古和硕部之固始汗，自明末以来，领有中东二部即前藏、青海。然布达拉五世喇嘛之时，以后藏地为藏巴汗所统治为口实，诱固始汗之兵取后藏，悉逐红帽派喇嘛，以札什伦布之班禅喇嘛掌后藏；固始汗又使其子鄂齐尔汗留守后藏。当此之时，罗卜藏从固始汗受达赖尊号；达赖，蒙古语谓之海，譬其德广大之尊称也。此达赖喇嘛与班禅喇嘛管治西藏，为完全僧侣政治之历史；由是宗喀巴派黄教喇嘛，遂全为西藏之统治者。
初罗卜藏大喇嘛，借固始汗之兵力，灭后藏之藏巴汗，乃桑结第巴第巴为喇嘛厅之僧职，掌理兵备财政事项之策。桑结颇奸侫，于五世喇嘛死后，秘之，伪称大喇嘛入定，不见人；矫命行事，悉由己决，凡十五年；后事败露，为清帝所诘责；不得已，乃立六世达赖。由是与属于蒙古和硕部血统之藏巴汗，发生争端；时准噶尔部之噶尔丹，势力甚盛；本为喇嘛，居西藏时，因与桑结交讙，故助桑结攻击固始汗子达颜汗。未几，噶尔丹北侵喀尔喀，喀尔喀部求援于清，噶尔丹遂败。桑结为达颜汗之子拉藏汗所杀；其所立之六世达赖被废；拉藏别拥立六世达赖；清朝虽曲加保护，而六世达赖，甚无人望；蒙古诸部，在甘肃西宁之红山寺，别立新六世达赖。噶尔丹之后，领准噶尔部之策妄那布坦，乘此纷扰之机，遂入西藏，杀拉藏汗；西藏喇嘛，多不喜拉藏汗，皆助之。但清朝初即助拉藏，故清圣祖闻变，即遣兵入西藏，废拉藏所立六世喇嘛，更迎西宁之达赖，为第六代大喇嘛；此即噶儿藏嘉穆错也。世宗即位之初，西藏又有内乱；清遣兵平之；送置驻屯兵二千人于西藏，保护喇嘛；置驻藏大臣于拉萨；时世宗雍正二年事也西历纪元千七百二十三年。
此时之蒙古，其东方成为漠南蒙古、漠北蒙古；漠北蒙古，又有喀尔喀部；此二部之东，与满洲接境者，为科尔沁部；以上为鞑靼三大部。又西方有漠西蒙古之厄鲁特部，亦分四部：天山北路之大部，为准噶尔部；其北为土尔扈特部；更北为都尔伯部；准噶尔部之东，乌尔木齐附近，为和硕部；自青海至西藏，皆属于其势力之下。当准噶尔之噶尔丹盛时，为其所侵，于是厄鲁特三部皆屈服于噶尔丹，终与北方喀尔喀部冲突，与清交锋。
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