与法眼宗同出于雪峰下之云门宗，其末造不如临济宗之盛；然宋初则颇振，但非鸿仰、法眼、曹洞之比耳。云门禅师，居韶州云门山光奉院，其地为南汉刘龚所辖，故受南汉主之归依；赐号匡真禅师，入寂后谥曰大慈云匡真弘明禅师于后汉隐帝乾祐二年入寂。自云门经香林澄远、智门光祚、而至雪窦重显，其法大振。雪窦即选《碧岩录》百则而著颂古之人，其书称《雪窦颂古》。初住翠峰，转迁明州雪窦，来会者号称极盛，故世称云门中兴入寂于仁宗皇祐四年六月。其法嗣以天衣义怀为最著名入寂于仁宗嘉祐五年。圆通法秀、慧林宗本，出其门下；在圆通之下者，有佛国惟白，在慧林之下者，有法云善本。法秀为汴京法云寺第一世，圆通禅师，其敕赐号也入寂于哲宗元祐五年。其法子佛国惟白，以著《禅门续传灯录》（三十卷）得名入寂于徽宗建中靖国元年。
慧林宗本始居苏州之承天、兴教二寺；后因杭州净慈寺之坚请，往居净慈寺。尔时四方互请，故说帖中有“借师三年，为此邦植福，不敢久占”之语。元丰五年，应神宗皇帝之召，住慧林寺，圆照禅师，其号也入寂于哲宗元符二年。法云善本承其法，圆通法秀入寂时，即受敕嗣其法席，入法云寺，大通禅师其号也。与圆照并称，故世呼大小圆照云入寂于徽宗大观三年。
智门光祚之门下，与雪窦同门者有延庆子荣；其法嗣名圆通居讷，居庐山圆通寺；与欧阳修交，颇为所重；内侍李允甯舍汴京第宅为禅寺，敕赐额，名十方净因寺；欧阳修奉天子（仁宗）命，推选居讷居之；居讷以病辞，举大觉怀琏代之。当是时，汴京两街诸寺，悉属法相宗、南山律宗；至于禅宗、天台，但行于各地方；自有此净因寺，禅宗始行于京都；大觉者，怀琏之敕赐号也居讷入寂于神宗熙宁四年。怀琏入寂于哲宗元祐五年。
云门之法流，当以明教契嵩为最知名；嵩字仲灵，藤州镡津人；居杭州灵隐寺；著《传法正宗记》（十卷）、《定祖图》（一面），定禅宗法脉之异论；此外述《辅教编》（三卷），上之仁宗；敕加入《大藏》之中；赐号明教大师。辑其文曰《镡津文集》（十九卷）入寂于熙宁五年。
宋以后，云门之法，当与临济并盛。徽宗皇帝序《续灯录》曰：“自南岳青原而下，分为五宗；各擅家风，应机酬对；虽建立不同，而会归则一；莫不箭锋相拄，鞭影齐施；接物利生，启悟多矣；源派演迤，枝叶扶疏，而云门临济二宗，遂独盛于天下。”由此观之：其盛可知矣。及宋都南迁，蒙古北入，云门宗逐致衰微；入元，其法系遂全不可考矣。《五灯会元续略》曰：“云门宗，自宋迄元，代不乏人；如圆通、善王、山济，俱明眼宗哲，法席甚盛；但嗣法莫可考，岂深藏其德而不求著耶？抑末流闻见之不广也。”又载宋末云门禅僧数名，但其系统未明。兹示云门宗主要人物略系于下：
曹洞宗之微弱，不如沩仰、法眼，其盛亦不如云门、临济；虽特称为曹洞宗，而洞山、曹山以来之正系，法脉后绝；唯赖云居道膺之一脉，曹洞之泉，得以不涸；降至元代，其末叶繁盛，乃出于意外。瑞州洞山良价敕谥号悟本禅师，唐末人；入寂于懿宗咸通十年；曹山本寂敕谥号元证禅师，居抚州曹山；入寂于昭宗天复元年。五家之中：曹洞、沩仰、临济三宗，起于唐末；其云门、法眼二宗，则起于五代。
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