羯磨会以大日如来为中心，一千六十一尊。三摩耶会七十三尊。微细会亦有七十三尊。供养会尊数亦同。四印会十三尊。一印会即大日一尊。理趣会以金刚萨埵为中心，十七尊。降三世羯磨会七十七尊。降三世三摩耶会七十三尊。以上名九会曼荼罗；诸尊详数五百余。但《金刚顶经》之大本共有十八会；传于中国者，乃其略本；故仅传九会；一说大本为二十八会云。
曼荼罗虽从婆罗门教转入；以其内容言之：实包含佛教之根本思想；故中国密教，不得谓为有组织的教义；但从一方观之，则此曼荼罗，已足说明中国密教之教理；何则？曼荼罗以图示佛教之教理。其说明曼荼罗之处，即说明佛教教理之处也。唯图之所表示，为婆罗门教给与之方法；故不得不谓密教者，乃被婆罗门教之外装以施佛教者也。窃思善无畏、金刚智咸在中天竺之摩揭陀那烂陀寺，研究学问；故密教可谓由那烂陀寺佛教一转而成。然则金、胎两部曼荼罗之中央，为大日如来所在胎藏界八叶之中台，金刚界羯磨会之中心。四方为四佛所在胎藏界即宝幢、开敷华、无量寿、天鼓雷音是；金刚界即阿阙、宝生、阿弥陀、不空成是就；乃明法相宗之转识成智说，表现于图者也。即前五识转为成所作智羯磨部之不空成就；第六识转为妙观察智莲华部之阿弥陀；第七识转为平等性智宝部之宝生。第八识转为大圆镜智金刚部之阿閦。之说；以四识四智之说为组织者也。中央之大日如来，表示此四智根本，为宇宙之实在；当法相宗之所谓清净法界法相宗舍此四识，与清净法界，谓之五法。而法相宗以清净法界为法身；以成所作智为化身密教之不空成就，即释迦，所谓应化身；以其他三者为报身但此三智为法为报为应之说，我国法相宗，有异议焉。大日如来为法身，实为密教之所依据；若就彼此二者，互相参考，则此二宗之历史的关系颇深；且缘起的佛教与密教之关系，全在那烂陀寺佛教之连络；其故可推而知也。
兹就密教之曼荼罗言之：胎藏界之曼荼罗；有所谓经之四曼荼罗，疏之六曼荼罗者。《大日经》释之曰：自擅九会曼荼罗，一也；嘉会曼荼罗以上二者，说见具缘品第二。二也；彩色曼荼罗，三也；《转写轮品》第八；秘密曼荼罗《秘密曼荼罗品》第十一，四也。其中以秘密曼荼罗为根本，前之三曼荼罗，不过枝流而已。一行之《疏》，则于上列四曼荼罗外，更加二种：即闻于善无畏之莲华一本曼荼罗，及阿阇梨所传曼荼罗是；合成六曼荼罗。但《金刚顶经》之大本，谓金刚界曼荼罗为十八会；略本《金刚顶经》，仅译其十八会中前六会；所谓胎藏界曼荼罗，实仅为金刚界曼荼罗中第十六会。若印度无金胎之别，则此说宁可谓正。此事，不空于所译之《金刚顶瑜珈经十八会指归》曾论及之；曰：
第十六会，名无二平等瑜珈，于法界宫说；毗卢遮那佛，及诸菩萨、外金刚部等，各各说四种曼荼罗，具四印；此中说生死涅槃，世间出世间，自他平等无二；动心举目，声香味触，杂染思虑，住乱心皆无二；同真如法界，皆成一切佛身。
由此观之：胎藏界足当此十六会，可推而知也。
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