又为处理僧侣寺院（道教亦然）计，详定僧官之制；设僧道衙门，置僧录司、道录司，各任其官；品秩甚高，待遇优渥。大理寺卿李仕鲁屡上疏陈僧侣之跋扈，不采；仕鲁辞宫，帝怒而处之以死。兹将其时所设之僧官，举之于下：大体依据宋制。
僧录司，掌天下僧教事。（京师）
左善世（正六品）
右善世（正六品）
左阐教（从六品）
右阐教（从六品）
左讲经（正八品）
右讲经（正八品）
左觉义（从八品）
右觉义（从八品）
此时受僧录司之任命者，则有左善世戒资；右善世宗泐，左阐教智辉，右阐教仲义，左讲经玘太仆，右讲经仁一初，左觉义来复，右觉义宗鬯，此洪武十四年所制定者。洪武十一年任圮太仆为左讲经；更任溥洽、德瑄、了达三人为僧录司；十二年授仲义为阐教；此皆前所制定者。洪武十五年，任行果为左阐教，任如锦为右觉义，复任西藏星吉鉴亦为右觉义。其后尚有左善世弘道、左善世夷简等之名。
各府僧纲司，掌本府僧事。（地方）
都纲
各州僧正司，掌本州僧事。（地方）
僧正
各县僧会司，掌本县僧事。（地方）
僧会
太祖崩，建文帝（惠帝）立；仅五年而有燕王棣靖难之役，燕兵陷金陵，帝遂不知所终。盖太祖鉴宋用郡县制度，帝室孤立而亡；故封二子樉为秦王（西安），三子为晋王（太原），四子棣为燕王（北平）；总土封二十五王（皇子二十人，从孙一人）于各地，以藩屏皇室；而诸王之力强大，卒招此祸。或谓建文帝投火崩；或谓在逃，不知所之；或谓及事急，开太祖遗筐，有杨应能度牒法衣，因编修程济计，遽招溥洽，落发为僧，由水关逃去；称为应能，巡游广西贵州诸寺。英宗正统年间，迎于宫中，号为老佛以寿终。传其还京时途中所作之诗曰：“流落江湖四十秋，归来不觉雪盈头。乾坤有限家何在，江汉无情水自流。长乐宫中云影暗，昭阳殿里雨声愁。新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。”燕王棣即太宗（永乐帝）也。使太宗举事者，即禅僧道衍。初太祖后马氏，先太祖崩；太祖甚悲，不再立后葬毕，选各高僧侍诸王，使为母祈冥福。时道衍因左善世宗泐之荐，随侍燕王赴北平，住庆寿寺；劝帝举大事，受命为军师，卒能使帝达其志。帝即位后，衍为左善世，更擢为太子少师，复俗名为姚广孝，不再蓄发娶妻。著《道余录》。死后封荣国公，谥恭靖，享祀太庙。盖姚广孝之事迹，颇与元刘秉忠相似也。
太祖洪武五年，集大德于蒋山，校刻《藏经》，是为《南藏》；太宗永乐十八年，复重刻于北平，是为《北藏》；南北二京，各藏一藏；更刻一藏于石，安置于大石洞。太宗以后，明佛教尚盛；武宗极尚佛教，学经典，通达梵语，自号大庆法王；其护法更无论矣。道教虽亦受累代保护，其势力远在佛教之下。世宗即位，极嫌弃佛教，溺于道教，信道士邵元节，以为真人，使总领道教；又举道士陶仲文；元节官至礼部尚书（死赠少师）；仲文进少保礼部尚书，封恭城伯。嘉靖四十年，使御史姜儆、王大任等，索天下之符箓秘书。道士四方来集者甚多，道教之势极隆。当其即位之初，先毁宫中佛像，凡百九十六座（一万三千斤）；更用赵璜之言，一夜中命破坏京师寺院；悉除禁中佛殿；太庙配祀之姚广孝，则移置于大兴隆寺，力排佛教；后服道士王金等所献丹药而崩。
宋元明三朝，禅宗在国中最占势力；宋初之天台，元之喇嘛，皆不及也。明代始将禅讲教三者，相提并论。太祖洪武十五年，礼部榜示亦有“照得佛寺之设，历代分为三等；曰禅，曰讲，曰教，其禅不立文字，必见性者，方是本宗；讲者，务明诸经旨义；教者，演佛利济之法，消一切现造之业，涤死者宿作之愆，以训世人”等语。其法以禅为第一；以华天诸宗为讲，属第二；以仪式作法，专务祈祷礼拜、忏悔灭罪之道者为教；教似密教（喇嘛教亦属之），属第三。或谓禅、讲、瑜珈，而禅独占佛教首位。
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