刘铭传大声呼喊说：“只要放下武器投降，一律赦免。”太平军当场投降了一万多人。在这场战役中，政府军阵亡了数千人，而打下了清朝半壁江山的太平军，最终战败。
常州就此收复，从此李鸿章的部队和曾国荃的部队打通了通道，江苏全省除了南京城内，再也没有太平军活动的踪迹。
从同治元年二月，李鸿章率领八千人抵达上海，正式开始统领淮军、常胜军，转战各地，经历了大大小小几十场战役，从松江保卫战开始到嘉兴常州攻坚战结束，到同治三年四月，打了两年，终于完成了肃清苏南太平军的功业。
李鸿章肃清苏南地区太平军，原因在于他组建的淮军部将骁勇善战，性格坚忍不拔，但华尔、戈登的帮助也很大，不只是常胜军打下几座城，打赢几次仗。当时李秀成的智力和勇气都无与伦比，军中大量装备西式枪炮，郭松林、张树声等将领虽然善于作战，但只不过凭着天生的勇敢和谋略，还不懂得新式作战方法的作用。因此，淮军建立初期在和太平军的作战中吃了不少苦头。
李鸿章考虑到这种情况，便命令诸位将领向常胜军学习，也用了不少常胜军的武器装备。而左宗棠肃清浙江太平军也得力于法国军官托格比、吉格尔等人的帮助。
清朝在即将灭亡之际又起死回生，英国人和法国人有不小的功劳。他们的意思是希望永远保证东亚的和平稳定局面，将这里建设成为商务活动的乐园。
曾国荃的军队水陆相互配合，整整包围了南京两年，到同治三年正月，攻克了钟山的石头堡垒，太平军失去了险要的要塞，包围南京的外围终于牢牢地结合起来，太平军内外不通，向城内输送粮食的道路被封死，城中的粮食也被吃光了。
洪秀全知道事情已经没有挽回的余地，便于四月二十七日服药自杀，诸将拥立他的儿子洪福继位，当时政府军还不知道这件事情。朝廷也多次下旨给李鸿章，命令他率领在江苏的得胜之师帮助进攻南京。
但曾国荃认为城内的太平军已经疲惫不堪，粮食和弹药都用光了，胜利在望，不愿意让李鸿章插手，而李鸿章也不愿意分曾国荃的功劳，采取了回避的态度，对朝廷声称夏天不利于使用火器，以此为理由不肯进军。而朝廷方面却不理解李鸿章的意思，再三催促他进军。
曾国荃听说这个消息，既担忧又愤怒，便从五月十八日开始，日夜监督士兵猛攻地保城，该地很快便被攻了下来。之后，他又安排深挖地道，从五月三十日到六月十五日，成功地挖掘了十多处地道。
随后，曾国荃命令城外各营部队做好战斗准备，另外悬重赏招募敢死队，准备城墙一出缺口就猛冲进去。
反观太平军这边，当时李秀成在南京城内，洪秀全死后所有的命令都是他发布的。在五月十五日这天，李秀成率领数百名敢死队，从太平门的缺口冲出城外，又另外派遣了数百名敢死队员，穿着政府军的衣服从朝阳门冲出城外，冲入曾国荃的军营，放火后大声呼喊。当时的官军多日劳累，已经很疲惫，战斗力丧失殆尽，猛然间遭遇到这样的情况，差点儿土崩瓦解作鸟兽散，幸亏彭毓橘等将领率领新兵赶来救援，才平息了这场危机。
到了六月十六日中午，政府军开始反击，引爆地道里埋的火药，爆炸声像无数雷声同时炸响，可以感到大地在颤抖，城墙瞬间被炸飞了二十多丈。
随后，曾国荃部队的将士大声呼喊着展开了冲锋，太平军士兵拼死抵抗，子弹像雨点一样密集，当场击毙城外士兵四百多人。部队士气更加高涨，踩着死者的尸体冲锋，随后攻入城内。
李秀成早早就立下了必死的志向，他把自己的好马献给幼主洪福，让他出城逃命，自己亲自率兵展开巷战，一连打了三天三夜，终是力尽被活捉。
太平军上下官兵战死、烧死的有三千多人，城内的宫殿燃起连天大火，烧了三天都没有熄灭，城中长期跟随洪秀全的男女老少十多万人没有一个投降的。
很多人提起太平天国，都说他们是一伙乌合之众。但是从咸丰三年洪秀全占领金陵开始，政府军用了十二年时间才消灭他们。
梁启超虽然对太平天国有些成见，却也非常欣赏天国中的一些杰出人物，尤其对李秀成更是大加赞赏。在《李鸿章传》中，他说：“李秀成是真正的豪杰，在这样生死存亡的关头，满城上下危在旦夕，他还能指挥成百上千的士兵，进行有组织的突围和决战，几乎歼灭政府军部队。五月十五日那天的战斗，曾国荃率领的部队之所以没有灭亡，完全是受老天保佑。
等到南京城被攻破后，又能用自己的好马救幼主的性命，自己慷慨赴死，有和国家同生死、共存亡的志向。就算是古代的名臣儒将也不过如此。
项羽、文天祥的努力最终落空，是天意，还是人为？
李秀成在离开苏州的时候，苏州的老百姓无论男女老幼，没有不痛哭流涕的。他礼葬战死的浙江巡抚王有龄，优待投降士兵，俨然有文明国家战时公法的意思。
南京城里的十多万人，没有一个投降的，就像齐国的田横五百士一样，他们的志向相同，他们的目标一致，而魄力之大已经超过前人百倍了，这是有史以来从来没有过的战争结局。不过，物竞天择，适者生存，还有谁肯为李秀成的功业说好话呢？”
战争胜利，收复南京之后，朝廷就开始了论功行赏。两江总督曾国藩加太子太保衔，封世袭一等侯爵；浙江巡抚曾国荃、江苏巡抚李鸿章都封世袭一等伯爵；其余的将帅都受到了程度不同的奖赏。
曾国荃打下南京之后，各方面派系的将领都嫉妒他的功劳，诽谤诋毁他的话一时间纷纷杂杂，即使像左宗棠这样的人才也跟着一起诋毁曾国荃，只有李鸿章从未说过这种话，而且还竭尽所能多方为曾国荃辩护。
梁启超对此也赞扬道：“李鸿章能得到‘文忠’这个谥号是有原因的，在朝廷不断催促共同进攻南京的情况下，李鸿章不想分他人快到手的功劳；等到事成之后，也不对推荐他的人心怀嫉妒，这种德操和胸怀的确有过人之处。名不虚传，不是随便说说的。”
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