最初作为优贡制度选拔上来的人才，李鸿章来到北京居住，他并没有沉醉在繁华富贵的生活中，而是继续潜心求学，并以子侄的身份拜见了父亲的同年进士曾国藩。对于这位聪颖的晚辈，曾国藩一见面就喜欢上了，于是收他为学生，教授他儒家义理、经世济民的学问，在朝夕相处的过程中，曾国藩发现李鸿章不但谦逊好学，而且办事果断，思维敏锐，能照顾到多方面的利益，总能把事情办得让各方面都满意，这几乎不是能力，而是天赋。就是从这个时候起，曾国藩暗下决心，要大力栽培李鸿章。
道光二十七年，由于成绩优秀，李鸿章进入翰林院，官职虽然不大，但是离皇帝最近，只要皇帝一高兴，立刻就能升迁，而他又有曾国藩提携，倘若沿着传统的升官之路走下去，必定如他父亲所期待的那样，鸿途大展，仕途一路光明。然而，人生的变故往往来的猝不及防，两年后，一场南方农民起义打破了清王朝长久以来的宁静，也使得李鸿章不得不走上一条曲折艰辛又危机重重的军旅之路。
1851年，由洪秀全、杨秀清、石达开等人组成的领导集团在广西金田村发起了反对清朝封建统治和外国资本主义侵略的农民起义战争，史称“太平天国运动”。随后仅仅用了两年多的时间，中国东南的重要城市相继陷落，清朝统治土崩瓦解，前景岌岌可危，清王朝统治者惶惶不可终日。
当时李鸿章恰好在安徽老家，做安徽巡抚福济和工部侍郎吕贤基的幕僚。当时庐州已经陷落，敌军分别占据附近城市，形成互为援助的掎角之势，福济想要夺回庐州，无奈不能实现。
李鸿章献计道：“欲取庐州并解裕溪口之困，应先取含山、巢县，断绝庐州和裕溪口的粮饷和接济。”
福济点头同意，却又有些犹豫，于是问：“本官觉得此法可行，但是如果发兵去救，不仅庐州攻而不克，也不一定解得了裕溪口之困。可若不去解救，胜克斋脱险之后，定然不会与本官善罢甘休，这又该如何是好？”
李鸿章自然知道他的顾虑，于是建议道：“抚台大人，您可以写信给胜大人，就说已经派我赶来援助，很快就能抵达裕溪口。其他的话就不用多说了。”
李鸿章这是将所有的风险都独自扛下，福济自然求之不得，采纳了这个建议。
李鸿章按照计划，率兵向含山进发，而这时，他父亲也带兵赶来，助他拿下含山，裕溪口之围得解。而李鸿章会打仗的名声也从此传开。
不过因为严寒奔驰，积劳成疾，李鸿章的父亲李进文在当年七月病逝，临终前手书训谕李鸿章兄弟几人：“贼势猖獗，民不聊生。我们父子世受国恩，此贼不灭，何以为家，你们应当努力以达成我的心愿。”
李鸿章悲痛之余，也将父亲的遗愿永远记在心里。
咸丰四年十二月，洪秀全攻占了武昌，时任礼部侍郎的曾国藩在家守孝，奉皇帝旨意负责办团练，慨然将练精兵救国家作为自己的责任，于是湘军从此兴起。
湘军是淮军的母体。当时，无论是八旗兵还是绿营兵都懒惰颓废，胆小懦弱，完全没法儿打仗。他们的指挥官都是平庸低劣无能的人，不能尽自己的职责。曾国藩经过详细调查，知道除非另换一套人马，否则怎样做都不会有效果，因此决定招聘人才，统筹全局，反攻太平天国。
恢复国家安定的转机就从那个时候开始了，洪秀全占领南京之后，逐渐生出了骄傲自大的心理，太平天国内部自相残杀，腐败已经到了极点。假如当时官军有得力的人才，尽全力进攻他们，平定太平天国只是瞬间的事情。无奈官军的骄傲腐败比敌人还要厉害。
曾国藩虽然统军带兵十年，但他所平定的区域只有长江上游一带，这固然和曾国藩深谋远虑、老成持重的性格，和不求急效、脚踏实地的策略有关系，但也和朝廷方面不委任专人、事权不能统一、不能遂心应手有关。
因此，湘军转战湖南、湖北、江苏、安徽等省的途中，因为地方官员拉后腿而导致贻误战机的情况不一而足，以至于长时间不能建立功业。等到金陵大营再次溃败时，朝廷终于知道除了湘军，再没有可以倚靠的力量了。
咸丰十年四月，政府先是任命曾国藩为名义上的两江总督，但很快又授予他实际实权，并授钦差大臣，督办江南军务，到此时，曾国藩才终于将兵权、财权集于一身，得以与左宗棠、李鸿章等诸位人才合力解决苏州、安徽、浙江一带的问题，大局这才开始有了转机。
咸丰九年五月，曾国藩调遣了在抚州的湘军老兵四营，又新招募了五营，让他的弟弟曾国荃做统帅，前往江西景德镇协同作战，命令李鸿章作为参谋一同前往。
在肃清了江西的太平军后，李鸿章又跟着曾国藩在指挥部待了两年多时间。咸丰十年，曾国藩担任两江总督，准备建立淮扬水师，向上级申请任命李鸿章为江北司道，未获批准；又推荐其担任两淮盐运使，奏折刚刚送到北京，恰好赶上咸丰皇帝北逃承德，事情就被搁置了下来。
可怜李鸿章已经三十八岁了，由于怀才不遇，只能学刘备拍着大腿叹息光阴流逝。
但是，在梁启超的眼中，这不仅是老天对李鸿章的磨难，也是老天对李鸿章的恩赐，他志向不得舒展，颠沛流离十多年，正好锻炼了他的气量，增长了他的才干，对他日后担当大任起了作用。而那几年为曾国藩军队做参谋的生活，正是他锻炼能力的最好的实验学校，那段经历可以说令李鸿章终身受用。
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