袁世凯以总理身份到朝鲜后，便召集了在朝的公署人员，宣布了自己的三项改革，分别是修建公署，鼓励中国商人到朝鲜经商，以及恢复海运路线，此举使得两国往来更加便利，公署改头换面，大为振兴。
在这期间，开化党人金玉均从日本发密电给朝鲜官员李载元，让他在国内接应日本人，一起参与诛杀朝鲜事大党。李载元不愿与其苟同，就把密电上报给了朝鲜国王。国王看到大为震惊，连忙召集大臣商议对策。
国王向大臣说道：“眼下找日本人帮忙无异于引狼入室，找俄国人英国会不高兴，找英国人俄国会有所行动，找其他列强国，难保他们不会拿领土来谈条件。看来，还是只能依靠中国，即刻宣袁世凯进宫。”
袁世凯见到国王后，国王问他：“现在清军在朝鲜没有驻军，袁总理准备怎么办？”
袁世凯先前已经接到清朝驻日公使发来的电报，知道金玉均安排了几百名日本浪人来朝行刺，他早已想到对策，说道：“我发一封电报给李中堂说明情况，请他派军队和军舰入朝，区区几百日本浪人，不足挂齿。”
国王听完放心一点，嘱咐道：“那就请袁总理尽快发报，请求支援。”
袁世凯出宫后，拿着金玉均给李载元的电报去了日本使馆，告诫他们一旦日本浪人入朝，大清必然派大军入朝镇压。接着，又给李鸿章发电报请求派兵援助，李鸿章很快回复说已派军队和战舰向近海驶去，如有需要，可立即入朝。
袁世凯现在有一个得力助手叫唐绍仪，原来是税务司穆麟德的助手，精通外交，袁世凯担任总理后把他调入公署。此刻，他与唐绍仪商议在哪里围剿日本人，唐绍仪建议到仁川，那里有很多外国使馆，经常有军舰停泊，万一与日本人发生冲突，方便寻找外援。
于是，袁世凯一方面让李载元给金玉均回电，约定好在仁川会合，另一方面带领曾经帮助朝鲜训练的一营新军，赶赴仁川，时刻准备围剿上岸的日本浪人。
没过几天，日本大使传来消息说日本警察厅在收到电报后，全力侦查，最终逮捕了金玉均以及与其关系密切的一百多人。
袁世凯带兵回王宫复命，国王再一次感谢他为朝鲜解除危机，而袁世凯也则一再强调中国对朝鲜的庇护之心，侧面告诫国王不要心猿意马。
日本的事情告一段落，俄国那边却又生事端。一次酒席上，袁世凯曾经帮助过的一位朝鲜官员私下告诉他，朝鲜和俄国正在商议新的密约。
袁世凯拜托和自己关系密切的闵泳翊去探听情况，几天后，闵泳翊找到袁世凯，见面就说：“朝俄确实在拟订新的密约，希望借助俄国的势力，宣布与清朝地位平等。而且国王现在受亲俄大臣的影响很深，事事听从于他们。他们鼓吹国王不要再相信日本和中国，只有依靠俄国，朝鲜才能实现独立自主，并且俄国已经答应帮朝鲜把巨文岛讨回来。”
袁世凯生气地说道：“俄国一直在谋求一个自己的港口，国王这样做，无异于把肉送到人家嘴里。李中堂一直在和英国人交涉归还巨文岛的事情，现在的问题就卡在要说服俄国，承诺永不侵占朝鲜。英国本来无意侵占朝鲜领土，但是俄国一旦出兵，英国必然也会参与进来。那个时候，朝鲜就真的岌岌可危了。”
闵泳翊说道：“我担心的也是这个，但我说的话殿下和王妃都听不进去，眼下他们只听亲俄派的那些小人。而那些小人并非真的为朝鲜着想，只是投国王所好，希望能加官进爵，眼下要想办法除掉他们。”
袁世凯说：“办法是有的，但是我们现在口说无凭。如果你能拿到一些他们往来的文书，那就有了真凭实据，我再向国王进言。”
闵泳翊不安地说道：“如果我送来文书等证据，袁兄要保证不能泄露我是告密之人，而且只能惩戒朝廷上亲俄的小人，不能问罪国王。”
袁世凯爽快地答应了。过了几天，闵泳翊送来一份俄朝密约的抄件，上面赫然写着请求俄国出兵，帮助朝鲜实现独立自主，不受他国挟制。袁世凯拿到后，立即叫来唐绍仪，问道：“绍仪，关于这件事情，你有什么建议？”
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