《山海经》所记四方之神，具如上述。四方各应木、火、金、水四行，惟无中央之土。这便是中国的“五行学说”尚未完成前的原始思想的形式。而此四方之神，最初大概都是一种自然现象的解释，如句芒神之为“春之生育”的象征。但后世“五行”之说既兴，便汩没了原始思想与原始信仰，而惟句芒神的象征意义尚可迹求，其余的便都无从考证了。《淮南子》记此四方之神，便蒙上了“五行学说”的外衣，加一中央之土，说得很为齐整。《天文训》云：
何谓五星？东方木也，其帝太暤，其佐句芒，执规而治春，其神为岁星，其兽苍龙，其音角，其日甲乙。南方火也，其帝炎帝，其佐朱明（高诱注：旧说云祝融），执衡而治夏，其神为荧惑，其兽朱鸟（朱雀也），其音徵，其日丙丁。中央土也，其帝黄帝，其佐后土，执绳而制四方，其神为填星，其兽黄龙，其音宫，其日戊己。西方金也，其帝少昊，其佐蓐收，执矩而治秋，其神为太白，其兽白虎，其音商，其日庚辛。北方水也，其帝颛顼，其佐玄冥，执权而治冬，其神为辰星，其兽玄武，其音羽，其日壬癸。
这里所说的中央之帝黄帝，其佐后土，《山海经》里完全没有。《西山经》有“长留之山，其神白帝少昊居之”的话，又《海外北经》有“务隅之山，帝颛顼葬于阳”的话，但是把少昊和颛顼成为西方和北方之帝，并且与蓐收、禺彊（即玄冥）发生关系，也是《山海经》所没有的。这都可以证明上文所说原始思想中象征四时的自然现象的神话，后来被“五行学说”所修改所增损的痕迹了。
水旱疠疫等天灾，在原始人看来，也应该有一个解释；因此也就有了神话。旱的神话，在《山海经》有女魃。《大荒北经》说：
大荒之中，有山名曰不句。……有人衣青衣，名曰黄帝女魃。蚩尤作兵伐黄帝。黄帝乃令应龙攻之冀州之野。应龙畜水，蚩尤请风伯雨师，纵大风雨。黄帝乃下天女曰魃。雨止，遂杀蚩尤。魃不得复上，所居不雨。叔均言之帝，后置之赤水之北。
应龙又见于《大荒东经》及《北经》，则云：
应龙处南极，杀蚩尤与夸父，不得复上，故下数旱。旱而为应龙之状，乃得大雨。
郭璞注：“应龙，龙有翼者也。”《大荒北经》又云：
应龙已杀蚩尤，又杀夸父，乃去南方处之，故南方多雨。
这都是说“应龙”主有水的。《楚辞·天问》云：“河海应龙，何尽何历？”王逸注谓：“言河海所出至远，应龙过历游之，而无所不穷也。”又引或说：“禹治洪水时，有神龙以尾画地，导水所注当决者，因而治之也。”据此则应龙不是仅处于南方了。但应龙与水潦的关系，却大概可以决定了的。
《山海经》又言有许多鸟兽也是主水旱灾的。《经》所记主水灾者，有下列的二则：
空桑之山……有兽焉，其状如牛而虎文，其音如钦（郭曰：或作吟），其名曰軨軨，其鸣自叫；见则天下大水。
（《东山经》）
剡山，有兽焉，其状如彘而人面，黄身而赤尾，其名曰合窳（郭曰，音庾），其音如婴儿。是兽也，食人，亦食虫蛇，见则天下大水。
（《东山经》）
言主大旱的，那就更多；《山海经》所载有下列各条：
令丘之山，无草木，多火，……有鸟焉，其状如枭，人面四目而有耳，其名曰颙。其鸣自号也。见则天下大旱。
（《南山经》）
姑逢之山，无草木，多金、玉，有兽焉，其状如狐而有翼，其音如鸿雁，其名曰獙獙。见则天下大旱。
（《东山经》）
鬲水……其中多薄鱼，其状如鳣鱼而一目，其音如欧（郭云：如人呕吐声也），见则天下大旱。
（《东山经》）
子桐之山，子桐之水出焉，而西流注于余如之泽，其中多?（音滑）鱼，其状如鱼而鸟翼，出入有光，其音如鸳鸯，见则天下大旱。
（《东山经》）
主疫的神，见《楚辞·天问》之所云：
伯强何处？惠气安在？
王逸注谓：“伯强，大厉，疫鬼也，所至伤人。”晋干宝《搜神记》又有别说：
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