紧密排布的树木生长得很茂盛，但这种状态只存在于良好的季节。鳞木可能是植物世界中结构发展的先驱，它们最早生长出硬质树皮，但内部还不是真正的木质结构。真正的木质，也就是我们想象中坚硬致密的树木组织，在这个时期还很少。这一时期唯一常见的主要木质植物是裸子植物。鳞木只有树干的中央部分具有少量的木质组织，内部主要由一种海绵组织构成，这是一种重量很轻的组织，在大部分草本植物中更容易找到。鳞木的树皮坚硬，这也是它们能长到如此高度的唯一原因，但它们的树干也不如木质树干坚固。这会影响树木的稳固，但只会影响地下的部分。
鳞木的树根被称为“根座”，这种树根为布满刻痕的多孔结构，生长时彼此相盘绕，邻近树木的根座在初生的土壤中会紧紧地互相缠绕在一起。根座在浅层土壤中绵延，为地面上的树木构成宽阔、坚实的地基。根座的质地非常致密，主根轴上伸出细小的根须，扩大了表面积，便于吸收水分——每平方米的地面之下有将近26000条根须。如果一棵树完全倒下，很容易毁坏邻近的树木，庞大的根座系统可以防止树木被大风刮倒，树木彼此之间牢牢地固定在一起。
这种浅层的根座系统正在改变世界。植物根部大幅扩展的主要目的是固定植物体和吸收水分、营养，但这种扩展的影响却远超植物本身的范畴。根是生态环境的改造者，仅仅通过改变土壤就可以影响整个环境，因此根的活动区域内的土层被称为“根圈”，意思是根的世界。根系的不断生长加速岩石的风化，毫不留情地令其变为沙土，并且能获取腐殖质。如果没有根，土壤无法形成，因为各种碎屑会或被风吹走，或被雨水冲走。如果没有根维持泥土的固结，当雨水汇为宽阔平坦的河流时，泥土就会逐渐被水冲走，形成笔直的河道和不断塌方的河岸。河流之所以会形成天然的蜿蜒水道，形成洪积平原和孤立的牛轭湖[31]，都是靠成千上万的植物的根系维持着土壤的稳固，不让河水冲走土壤，并迫使河水冲刷周围没有植物生长的土地以致改道。植物决定着河水的流向。根也许只会向地下生长，但它和树叶一样可以改变大气的成分。根不断在砂岩中生长，砂岩中富含钠、钙和钾等碱金属的硅酸盐，根获取到这些硅酸盐，在植物的共生微生物和真菌的协助下排入河水中。当这些溶解在水中的金属元素排入河中，河水的成分也随之改变，碱性增强，溶解在河水中的二氧化碳和金属元素发生反应，减缓河水碱性的增强。这种反应的持续发生，令空气中更多的二氧化碳溶解在水中。这种植物根系令含硅酸盐的土地风化，进而影响大气成分的作用，至今依然十分强烈。人们已经严肃地提出，竹子等高风化作用植物的推广种植，可作为碳捕集的手段。在地质时间尺度上，这种作用的影响无疑是巨大的。与1.1亿年前的泥盆纪初期相比，石炭纪时期地球大气中的二氧化碳含量已经降低了约0.4%——这个数字比今天大气中的二氧化碳总量高10倍。这一切主要是由不断生长的植物根系所致。
不仅是天气发生了变化。马宗克里克的降水比以往增多，阿勒格尼山脉的隆起改变了风向，越来越多的雨水沿着陡峭的山坡倾泻下来。一条条河流产生着强烈的侵蚀作用，其中一条呈奶茶般棕色的河水流入马宗克里克地区的热带海域，河水中带着由上游沿岸冲下来的种子蕨和其他植物的残骸。海湾地区的潮水并不汹涌，每天上涨两次，洪水则季节性地泛滥。马宗克里克是一处真正的沼泽——一部分地区始终被水淹没，另一部分则是露在空气中的潮湿地面，覆盖着腐烂的树枝和树叶。
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