侏罗纪欧洲海域极其丰富的生物便是上述气候环境产生的结果，这一地区成了一处海陆枢纽。位于亚洲和阿巴拉契亚之间的大陆边缘分布着条带状的很浅的内海，海面上有一串彼此相距不远的岛屿。这些岛屿的四周是白色的沙滩，沙子很细，波澜不惊的咸水潟湖散落在沙滩之间，岛屿的外围则是珊瑚礁。若不是由潮水涨落形成的潮泥滩的阻挡，岛上茂盛的针叶林几乎要长到海里。有些岛屿很平坦，如中央山脉，原先的山峰经过上亿年已经被夷平。另外一些岛屿因板块运动和生物造礁作用还在不断隆升。向南是温暖湿润的特提斯洋，它将欧洲和非洲分隔开，孤立大陆亚德里亚（Adria）便位于其中。特提斯洋向东沿亚洲南缘延伸，形成最宽阔处，一条陡峭深邃的海沟连接着今天的希腊和中国西藏，并继续延伸，将世界分为北方的劳亚大陆（Laurasia）和南方的冈瓦纳大陆（Gondwana）。北方的海洋逐渐变窄为流经波罗的大陆（Baltica）的两条海道，之后汇入寒冷少雨的古北海。西方的一块大陆从冈瓦纳大陆中分离出来，在将来会形成北美洲，一条海峡逐渐形成并不断变宽，这片海域在当时仅仅是特提斯洋的一个分支，但日后将变得足够广阔并拥有自己的名字——大西洋。侏罗纪欧洲的一些陆地沿海地区的海水深度比今天大陆架区域的海水要深，从海底至海面的深度可达1000米左右。然而大部分海域的水深只有100米左右，形成了极其繁荣的海洋动物群。
欧洲位于“原大西洋”海峡、特提斯洋和连通古北海的维京海峡三处海域的交汇处，是深海洋流的咽喉要道。正如今天给欧洲北部带来温暖的湾流一样，侏罗纪的洋流也起着反馈系统的作用，使世界各地原本相差悬殊的温度维持着相对均衡。在距今1500多万年前，这些海域比今天的海洋要温暖得多。波罗的大陆周围又窄又浅的海道就像连通特提斯洋和古北海的走廊，经过频繁的构造运动之后，这些海道被隆升的裂谷隔断，形成现今的北海。由于从南至北输送温暖洋流的通道被切断，古北海被隔离开来，逐渐变冷，直至封冻，令中侏罗世的地球在一段时间内处于冰室状态。之后随着大陆的再一次分离，洋流又再次流通。在距今1.5亿年前的晚侏罗世，欧洲的陆地像一座长满茂密植物的温室，海洋则是温暖和寒冷洋流旋转着交汇的地方。热带和极地的空气在古北海海域混合在一起，造就了欧洲北部的风暴天气。
带壳的浮游生物和其他无脊椎动物不断地生长和死亡，它们碳酸钙质的外壳在海底堆积。随着海平面的下降以及特提斯洋海沟的不断发育将非洲拉向欧洲，富含钙质的海底隆升，形成跨越瑞士和德国的侏罗山那高耸的石灰岩山体。这里将成为多瑙河和莱茵河这两条欧洲大河的源头，河道穿过由构造运动抬升起来的古海洋海底。大部分地质时期的名称都和地名有关，最典型的例子就是，侏罗纪得名于德国南部和瑞士境内的侏罗山。在奥地利的蒂罗尔州，一根金色顶部的桩子插在山上，由地质学家钉在一个特定的位置上，这就是三叠纪和侏罗纪界线的标准位置。欧洲的阿尔卑斯山地区被称为这一时期的“金钉子”，当时位于此处的古海域便是对侏罗纪有时代标志意义的水上乐园。
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