2004年2月，由于有关“石一歌”的诽谤浪潮已经延续四年仍未消停迹象，却又一直没有出示任何证据，余秋雨本人就采取了“悬赏”的办法，宣布“只要证明本人曾用这个笔名写过一篇、一段、一节、一行、一句这种文章，立即支付自己的全年薪金”，还公布了执行律师的姓名。十二年后，余秋雨宣布悬赏期结束，以一篇《“石一歌”事件》做出总结。
2004年3月，参加联合国开发计划署《人类发展报告》的设计、研讨和审核。2004年年底，被联合国教科文组织、北京大学、中华英才杂志等单位选为“中国十大文化精英”、“中国文化传播坐标人物”。
2005年4月，应邀赴美国巡回演讲：
（1）4月9日讲《中国文化的困境和出路》（在纽约大学亨特学院）；
（2）4月10日讲《中国知识分子的问题所在》（在北美华文作家协会）；
（3）4月12日上午讲《空间意义上的中华文化》（在马里兰大学）；
（4）4月12日下午讲《君子的脚步》（在华盛顿国会图书馆）；
（5）4月13日讲《时间意义上的中华文化》（在耶鲁大学）；
（6）4月15日讲《中国文化所追求的集体人格》（在哈佛大学）；
（7）4月17日讲《中华文化的三大优势和四大泥潭》（在休斯顿美南华文写作协会）。
2005年7月20日在联合国“世界文明大会”上发表主题演讲《利玛窦的结论》，论述中华文明自古以来的非侵略本性，引起极大轰动。演说的论据，后来一再被各国政界、学界引用。
2005年11月，应邀撰写《法门寺碑》（含书法），镌刻于陕西法门寺大雄宝殿前的映壁。
2006年4月，应邀撰写《炎帝陵碑》（含书法），镌刻于株洲炎帝陵纪念塔。
2005年—2008年，被香港浸会大学聘请为“健全人格教育奠基教授”，每年在香港工作时间不低于半年。
2007年1月，发表《问卜中华》，详尽叙述了甲骨文的出土在中华文明濒临湮灭的二十世纪初年所带来的神奇力量，同时论述了商代的历史面貌。
2007年3月，发表《古道西风》，系统叙述了中华文化的两大始祖老子和孔子的精神风采。
2007年5月，发表《稷下学宫》，对比古希腊的雅典学院，首度将两千年前东西方两大学术中心进行对比。
2007年7月，发表《黑色的光亮》，以充满感情的笔触表现了被中国文化史长期冷落的平民思想家墨子的人格光辉。
2007年8月，应邀为七十年前解救大批犹太难民的中国外交官何凤山博士撰写碑文（含书法），镌刻于湖南益阳何凤山纪念墓地。
2007年9月，发表《诗人是什么》，论述“中国第一诗人”屈原为华夏文明注入的诗化魂魄，分析了他获得全民每年纪念的原因，并解释了一些历史误会。
2007年11月，发表《历史的母本》，以最高坐标评价了司马迁为整个中华民族带来的历史理性、历史品格和历史力量。
2008年5月12日，中国发生“汶川大地震”，第一时间赶到灾区参加救援。见到遇难学生留在废墟间的破残课本，决定独资捐建三个学生图书馆，却被人在网络上炒作成“诈捐”，在全国范围喧闹了两个月之久。后由灾区教育局一再说明捐建实情，又由王蒙、冯骥才、张贤亮、贾平凹、刘诗昆、白先勇、余光中等名家纷纷为三个学生图书馆题词，风波才得以平息。
2008年9月，上海市教育委员会颁授成立“余秋雨大师工作室”（此前上海教育系统仅有一所“周小燕大师工作室”）。上海市静安区政府决定为“余秋雨大师工作室”赠建办公小楼。
2009年5月，应邀为山西大同云冈石窟题词“中国由此迈向大唐”，镌刻于石窟西端。
2010年1月，《扬子晚报》在全国青少年读者中问卷调查“你最喜爱的中国当代作家”，余秋雨名列第一。“冠军奖座”是钱为教授雕塑的余秋雨铜像。
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