1993年7月，发表《苏东坡突围》，刻画了中国文化史上最可爱、最可亲的人格典范，揭示中国知识分子所必然面临的一层层来自朝廷和同行的酷烈包围圈，以及“突围”的艰难。此文被两岸三地的报刊广为转载。
1993年9月，发表《千年庭院》，首次用散文方式梳理了中国古代最优秀的教学方式——书院文化。
1993年11月，发表《抱愧山西》，首次向海内外系统描述了中国古代最成功的商业奇迹——晋商文化。由于中国传统文化历来轻视商业文明，因此，全文一开始就抱持着一种隔代的惭愧心态和追寻心态，为当时正在崛起的经济热潮寻得了一个古代范本。此文发表后一时读者无数，连很多高官也争相传诵。
1994年3月，发表《天涯故事》，首次系统地论述沉埋已久的海南岛文化的历史框架，并把海南岛文化归纳为“生态文明”和“家园文明”，主张以吸引旅游为其发展前景。
1994年5月—7月，发表长篇作品《十万进士》（上、下），首次清理千年科举制度对中国文化的正面意义和负面意义。
1994年9月，发表《遥远的绝响》，描述魏晋名士对中国文化的震撼性记忆。由于文章格调高尚凄美，一时轰动文坛。
1994年11月，发表《历史的暗角》，首次清理“小人”在中国文化中的隐形破坏作用，以及古今君子对这个庞大群体的无奈。发表后在两岸三地引起巨大反响，被公认为“研究中国负面人格的开山之作”。
1995年4月，应邀为四川都江堰题词“拜水都江堰，问道青城山”，镌刻于该地两处。
1996年1月，应邀为道教胜地茅山题词“大道巍峨”，镌刻于该山山壁。
1996年7月，多家媒体经调查共同确认余秋雨为“全国被盗版最严重的写作人”，他的著作的盗版量大约是正版的18倍。由此被邀请成为“北京反盗版联盟”的唯一个人会员，并被聘为“全国扫黄打非督导员（督察证为B027号）”。
1998年6月，新加坡召集规模盛大的“跨世纪文化对话”而震动全球华文世界。对话主角是四个华裔学者，除首席余秋雨教授外，还有哈佛大学的杜维明教授、威斯康辛大学的高希均教授和新加坡艺术家陈瑞献先生。余秋雨的演讲题目是《第四座桥》。
1999年开始，引领和主持香港凤凰卫视对人类各大文明遗址的历史性考察，成为目前世界上唯一贴地穿越数万公里危险地区的人文教授，也是“9·11”事件之前最早向文明世界报告恐怖主义控制地区实际状况的学者。由此被日本《朝日新闻》选为“跨世纪十大国际人物”。
2002年4月，应邀为李白逝世地撰写《采石矶碑》（含书法），镌刻于安徽马鞍山三台阁。
从2000年开始，由于环球考察在海内外所造成的巨大影响，一些媒体为了追求“逆反刺激”的市场效应而发起诽谤。先由北京大学一个学生误信了一个上海极“左”派文人的传言进行颠倒批判，即把周恩来总理为了抢救教育而布置的教材编写组说成是“‘文革’写作组”，并误植了笔名“石一歌”。由此，形成十余年的批判大潮，并随之出现了一批“啃余族”，主要由“文革”残余势力组成。据杨长勋教授统计，由官方媒体发表的诽谤文章多达一千八百多篇。余秋雨先生对所有的诽谤没有作任何反驳和回击，他说：“马行千里，不洗尘沙。”
2003年7月，由于多年来在中央电视台的文化栏目中主持“综合文史素质测试”而成为全国观众的最高收视热点，上海一个当年的造反派首领就趁势做逆反文章，声称《文化苦旅》中有很多“文史差错”，全国有156家报刊转载。10月19日，我国当代著名文史权威章培恒教授发文指出，经他审读，那个人的文章完全是“攻击”和“诬陷”，而那个人自己的“文史知识”连一个高中生也不如。对此，156家报刊都未予报道。
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