这就是十九世纪的科学家和哲学家的共同信念。但对于一般理念史以及哲学思想的发展来说，更重要的不是进化的经验事实，而是对这些事实作出的理论解释。毫不含糊地说，这种理论解释不是由经验证据本身决定的，而是由具有明确的形而上学性质的特定基本原则决定的。虽然进化论的这种形而上学式性质很少被承认，但却是个潜在的驱动力。从一般哲学意义上来说，进化论绝非是新兴成就。它曾被经典地表达在了亚里士多德的心理学以及他对有机生命的一般看法中。亚里士多德进化思想与近代进化思想最独特而又根本的区别在于，亚里士多德给出的是一个形式的解释，而近代思想家则试图作出一种质料的解释。〈8〉亚里士多德确信，为了理解自然的总设计，理解生命的起源，对低级形式做出的解释，必须要比照高级形式。在亚里士多德的形而上学中，他把灵魂定义为“具有生命潜力的自然机体的最初实现”，他对有机生命所做的设想和解释，是从人类生命的角度出发的。人类生命的目的论特征被投射在自然现象的整个领域上。而在近代理论里，这种顺序被颠倒过来了。亚里士多德的终极因被描述为“无知的避难所”（asylumignorantiae）。达尔文著作的主要目的之一，就是要把近代思想从这个终极因的幻象中解放出来。我们必须只根据质料因去理解有机自然界的结构，否则我们根本就不能理解它。但在亚里士多德的术语中，质料因是“偶然”原因。亚里士多德强调，用这种偶然原因来理解生命现象是不可能的。近代理论接受了这一挑战。在历代无数次徒劳的尝试后，近代思想家认为他们已确定成功地将有机生命解释为纯属偶然的产物。发生在每种有机生命上的偶然变化，足以解释那驱使我们从原生动物中最简单生命形式到最高级、最复杂生命形式的渐进演化。虽然达尔文对自己的哲学观点通常是非常谨慎的，但我们还是可以在他那儿找到这种观点的最显著表达。他在《动物和植物在家养下的变异》的结尾中写道：
不仅各种家养物种，即使在同一大纲中最不同的属和目，例如哺乳动物、鸟类、爬行动物和鱼类，都是同一祖先的后代，而且我们需承认，这些生命形式之间的千差万别，主要源于简单变异性。在这种观点下来考虑这个问题，足以使人瞠目结舌。但倘若我们这样去仔细回想一下，我们就不会那么吃惊了：自然界存在着几乎无限数量的生物，它们在几乎无限长的时间流逝过程中，往往使自己的整个组织结构具有了某种程度上的可塑性，并且在极其复杂的生活条件下，在任何方面都是有利的每个细微的结构修改都已经被保存了下来，而同时，在任何方面都是有害的每个细微的结构改变都被严格地摧毁了。长期积累的有利变异，将毫无疑问地导致结构的多样化，能巧妙地适应各种目的，并有着极佳的协调性，就像我们在周围的动植物中看到的那样。因此，我把选择说成是至高力量，无论它是被人类用于家养品种的培育上，还是被自然用于物种的繁衍生息上……若一位建筑师准备在不切割石头的情况下，建起一栋广厦，在悬崖底部的碎块中选出楔形石做其拱门，长条石为门楣，平板石当房顶；我们会赞叹他的技巧，并认为他有着至高力量。现在，碎石块虽然对建筑师来说是不可或缺的，但它们同他建起的这栋广厦之间的关系，就相当于变异与有机物修改了的后代最终获得的美妙结构之间的关系。[25]
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