初入雒阳时董卓仅有三千余人，自觉兵力过少，怕众人不服。连续四天深夜让部队偷偷出城，白天声势浩大进入雒阳，数日后雒阳城中都认为董卓兵势浩大。靠着错误印象基础，加上董旻收编原何进何苗的部队，开始恣意操控朝政。当时董卓官位的确不高，靠着手上的凉州兵远不是未经锻炼的杂牌军可以比拟的，令朝堂上没有人敢违逆。很快就由中郎将升为太尉，领前将军事，更封郿侯，声势一时无二。
九月，董卓操控朝廷第一步就是惊天动地，以少帝孱弱，陈留王聪颖为由，废少帝立献帝，朝堂上竟然无人敢言，可见凶威之盛。废立之际当然又是改元，从光熹元年改为永汉元年，这一年换了两个皇帝，改了三次年号，远在天边的百姓都感受到汉朝天下将倾的预感。董卓又自称是董太后同族，以「太后踧迫永乐宫，至令忧死，逆妇姑之礼。」为由，将何太后迁往永安宫，她此时失去所有凭借，不仅生死由人，过去权势滔天的情景成昨日黄花。没多久嫌何太后在宫中碍眼，让谋士李儒下手鸩杀，以皇后之礼，非太后之礼合葬于灵帝文昭陵。为何是用皇后之礼，废少帝后何氏就失去太后资格，当然仅能以灵帝皇后资格下葬，毫不掩饰自己权力的董卓，再次震摄后汉朝廷。
董卓手下多是目不视丁的豺狼虎豹，从入雒阳后就纵容部队在周遭劫掠，正巧附近村落有庆典，这群豺狼虎豹不仅劫掠村庄，杀死男子，更在抢来的车轴上绑上砍下的头颅，将女子绑于车上，声称破贼而还，这些都是战利品，进入雒阳城后焚烧头颅，以抢来的女子为婢妾，**宫女更是不可胜数。放任部队劫掠的董卓，造成雒阳周遭几无人烟，百姓没死也赶紧逃离雒阳的情况，城内一片恐怖统治的气氛，后汉从外戚宦官争权，已是摇摇欲坠，如今真是命存一线，随时都有可能覆灭。
以为他是个单纯草莽军阀，可就是大错特错，专权之初征召天下大儒为官，像是隐居在吴郡十二年的大儒蔡邕，遭到强令出仕，蔡邕不从。派人传话：「我能杀光你的族人。」才让他连忙用牛车赶到雒阳。他在吴郡时着有《独断》二卷，记载汉代的宗庙陵寝、礼乐车服等汉代皇室典章制度，收集周秦时期的礼制跟传说。
虽然是强迫为官，董卓对蔡邕非常敬重，像是从宦官手上救回少帝与献帝的卢植，对于废立少帝一事，百官慑于兵威不敢言，只有他出言反对，惹得大怒要将他杀死，靠着蔡邕劝阻才救下一命，最后仅以免官了事；事后以老病为由告老回乡时生怕追杀，选择走小道，果然如预料董卓派兵追赶，一直到怀县才放弃追杀，这位汉末一代大儒兼将领，就此隐居在上谷郡军都山。
蔡邕入京之后，董卓任命他为左中郎将，封高阳乡侯，对比灵帝时被逼隐居在吴郡，笼络人心的手段，比起宦官外戚高明多了。除蔡邕外，为了拉拢豪杰贤士，协助遭党锢之祸事件受到委屈的志士陈蕃、窦武还有李膺等人申冤与平反，这等手段，何进、袁绍等人想都没想过，显示两者间政治斗争水平。
因为党锢之祸，牵连下野后闭门不出的郑玄，看透后汉朝廷的腐败，先后拒绝何进与朝廷征召，在北海家乡东莱，专心著书与教学，有学生数千人。师承汉代大儒马融，讲学与著书都是以古文为本，兼采今文，俨然成为汉末一大学派，称为『郑学』，著书数十卷，极大影响了河北地区的学问发展。
藉献帝下诏，董卓赐公卿至黄门侍郎家，各出一人任郎官，为什么有此令？灵帝以来郎官多由宦官出任，经过何进跟宦官两败俱伤后，侍奉皇帝的郎官已无人，让本是宦官出任的郎官，回到世族士大夫出任大内诸署令、丞。
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