《史记》中有些事情是司马迁从民间收集的，夹杂着不少传说。这些传说经过民众的不断加工，与事实已相去甚远。例如，《史记·高祖本纪》说，一天，一个叫刘媪的妇女在湖边休息，梦见与神人相遇。不久，雷电大作，刘媪的丈夫刘太公来寻妻子，看见妻子身上压着一条蛟龙。刘媪从此有了身孕，生下了儿子刘邦。现在江苏丰县城北2．5公里处的泡河之上，横卧着一座石桥，名“龙雾桥”，乡老指点说，那就是刘媪遇龙妊娠的地方。
那么，秦始皇是吕不韦的私生子之说，是不是也系民间传说？这也完全有可能。
于是，秦始皇的生身父亲成为一桩历史悬案，古往今来，围绕这个问题，人们打了不少笔墨官司。
司马迁是在被处以宫刑之后，忍辱负重完成《史记》的。《史记》直言当朝天子汉武帝之过，正因为如此，在很长一个时期，司马迁及其后人把《史记》秘不示人，直到武帝曾孙汉宣帝坐天下时，才由司马迁的外孙杨恽公布于世。对《史记·吕不韦列传》中吕不韦与秦始皇的父子关系，汉人深信不疑。
班固是继司马迁之后的又一个大史学家，他编写的皇皇120卷《汉书》，计80余万言，是我国历史上第一部断代史。《汉书》中的武帝太初以前部分，多照抄《史记》，旧史家讥刺班固剽窃。但在抄袭过程中，对《史记》中的错误，班固也作了修正。例如，《史记·魏其武安侯列传》说武安侯田蚶官拜丞相，权倾朝野，举行家宴时，自己坐在西方上席，让同母异父的哥哥王信坐在北边次席。这里，司马迁就搞错了，汉朝尚右，右为上，左为下。坐西朝东是上席，次席应是坐南朝北，不是司马迁说的坐北朝南。班固写《汉书·窦田灌韩传》，就改了过来。连这样细小的错误，班固都注意纠正，但对秦始皇是吕不韦的私生子这样的大事，班固却认同司马迁的说法。他写过一篇《秦纪论》，文中竟把秦始皇叫做“吕政”，连始皇的姓都改回来了。
直到唐宋时期，人们对始皇的私生子身份还深信不疑。
司马光主持编写的《资治通鉴》是这样记述的：
吕不韦娶邯郸诸姬绝美者与居，知其有娠，异人从不韦饮，见而请之。不韦佯怒，既而献之，孕期年而生子政。《资治通鉴》的说法，既不同于司马迁，也异乎张匡：异人遇见赵姬，为她的美貌所倾倒，向吕不韦索要。这点与司马迁的《史记》相同。但司马迁说，吕不韦不知赵姬有了身孕，开始还很生气，后来才忍痛割爱。而《资治通鉴》却说吕不韦已知道赵姬怀孕，异人一开口，他就来了个顺水推舟，只是把戏演得很逼真：先装作生气的样子，不想割爱，后来又极不情愿地让出。也就是说，吕不韦玩了一个诡计。从这一点上看，与张匡的说法接近，只是把吕不韦写得更加阴险。
《资治通鉴》中的这段文字，可以算作继司马迁、张匡之后的第三种“版本”。
司马光等人编写《资治通鉴》是极为严谨的，从搜集史料到全书定稿，分为编写丛目、长编和定稿几个步骤。丛目，就是长编的提纲。长编，就是《资治通鉴》的草稿，依照丛目顺序，把同一事项下的资料全部检出，相互参照比较，错综铨次，修饰文字，用大字写成正文；至于歧异不同的记载，则用小字附注于正文之下，并说明所以取舍的原因。长编要求宁繁勿略，要充分占有史料。最后对长编删削繁冗，考订异同，锤炼文字，写成定稿。
对于秦始皇是吕不韦私生子这件事，《资治通鉴》既没有照抄司马迁的说法，也没有照搬张匡的观点，写出了“新意”。这种“新意”不可能是司马光等人杜撰的，想必是他们总结了前人的记述，采用了一种他们认为更接近史实的写法。王世贞说，吕不韦编造了一个弥天大谎。
到了明代，有人对《史记》的记载发生了怀疑。
第一个持怀疑论者，是王世贞。
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读史有心得 吕叔春