然而，司马迁的这番言论，却引出了历史性悲剧后果。被安了个诬罔“主上”的罪名，定了死罪。按照汉代的法律，凡被判处死罪的人犯，若要求生，有两条途径可走。一是用钱赎罪，大约需交50万钱，当时通行的是五铢钱，50万个五铢钱，约合黄金五斤；另一条是甘受宫刑。司马迁平时的俸禄并不丰厚，家境也很平常，父亲一生做了几十年的太史令，没有给他留下多少家产，根本没有能力偿付这笔巨额的赎罪金。
作为士大夫的司马迁，理所当然地非常重视作人的尊严，看重自己的人格和名节。于是他想到自杀，想到了慷慨赴死。然而，在这个世界上只有一件事使他欲罢不能，这就是正在写作中的《史记》，这是他们父子几代人的理想和心血，他自己也已为之付出了多年的辛勤劳动，怎能忍心让它半途而废呢!
在面临着生与死的抉择关头，司马迁不禁彻夜难眠，思绪万千。他想，自己的先人并没有立过赫赫的功勋，自己也不过是一个为流俗所鄙薄的太史令，如果就此死去，是决不能和历史上那些“死节”的人相比的，那不过“若九牛之一毛，与蝼蚁何异”。对于那些想将自己置于死地的人来说是无所痛惜的；对不明真相的人来说，也许还会产生误会，以为是“智穷罪极，不能自免”才自寻短见的。人虽不免一死，但“死有重于泰山，或轻于鸿毛”，死的代价有大有小，如果这样平白无故地死去，是很不值得的。
天汉三年(公元前98年)，48岁的司马迁，作出了出人意料的选择，他摈弃自杀和赴死的念头，决计忍辱偷生，接受那最为惨无人道的宫刑。他“就极刑而无愠色”。
宫刑不仅摧残了司马迁的健康，也给他的精神带来了为常人难以忍受的痛苦。然而，这都没有能够摧毁司马迁的意志，正是这人生的悲剧，使他对历史，对人生，对汉王朝的吏治和刑法，对封建专制有了新的认识。他很快从极度的悲愤中解脱出来，将个人的生死、荣辱置之度外，默默地将自己全部的心血，倾注到正在撰写的《史记》之中。
受刑后的司马迁仍然被关押在狱中。在这种非人境况中，他没有一天停止过思考，几乎天天与《史记》结伴，或在脑中酝酿，或不停地记下一些考虑成熟的片断。大约在太始元年(公元前96年)，他才获释出狱。
司马迁出狱后，也许是汉武帝良心发现，觉得对他的处罚确实过重，或是出于其他方面的考虑，他很快被任命为中书令。中书令是贴近皇帝身边的重要官员，相当于皇帝的秘书，表面上看，其地位要高于太史令。他的经常性工作是将皇帝的命令下达到尚书，并将尚书的奏事转呈给皇帝，地位颇为显要。他以带罪之身，得以充任这样的职务，因而被一些人视为“尊宠任职”。连他多年的好友任安也有这种看法。
其实司马迁自己最明白，中书令一职能出入皇上身边，权势确实非同一般，然而此职一般都是让有文化的宦官担任。他因蒙冤受了宫刑后才被委任此职，这正是对他人格的再一次侮辱，他时时感到悲怨与愤恨。自然对朝廷内外的一切事务，毫无兴味。难能可贵的是，司马迁再次以坚强的意志，充分利用在皇帝身边工作的种种便利，全身心地继续投入到《史记》的写作之中。司马迁满腔积愤，他在现实生活中，被无理剥夺了做人的尊严和自由，可是在修史写作的天地里，他却有了一定的自由。“天高任鸟飞”，他可以用自己锐利的目光和判断力，对古往今来的帝王将相、贵妃才人、忠奸善恶者，进行褒贬，进行鞭挞。奔放的**，纵情驰骋，写到兴奋处，会情不自禁地发出会心的笑声；写到愤慨处，会愤怒地击桌；写到心酸处，会暗暗抽泣。
经过司马迁前后14年的努力，约在征和二年(公元前91年)，一部构思严谨、体大思精的空前历史巨著——《史记》，终于基本完成。这是一部融入了司马迁全部心血和毕生精力的不朽著作。全书“网罗天下放失旧闻”，将三千年的历史，进行了全面合理的整理，并使之纳入一个科学的、庞大而又完整的系统。司马迁以前还没有一部体例完备、囊括中外、贯通古今的历史著作。是他第一次汇总古今典籍，创造了纪传体通史，从内容到形式都是空前的创举。
点评：
今天，司马迁忍辱著《史记》为人所乐道。人们在体会《史记》的辉煌时，更为司马迁的忍辱负重精神所叹服。忍耐是对意志的磨练，所以痛苦往往在忍耐中得到淡化；忍耐是爆发力的积蓄，因为它恰似用无声的奋斗在冲破罗网。
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