6月11日，光绪帝颁布新的变法方针，是通过“明定国是”上谕表现出来的。诏书里指责了顽固派，并着重说明举办京师大学堂是改革的第一项步骤，它明显地透露出这场改革的温和性质。从这天起，到9月21日止，历时103天，光绪帝公布了几十道新政诏书，历史上称为“百日维新”。
这个暂短时期的改革主要有：
（一）废除八股文作为国家考试的科举改试策论；取消各地旧式书院，改设中、小学堂；7月3日正式创京师大学堂（北京大学前身）；设立译书局，翻译外国新书；允许建立报馆、学会；奖励新发明和科学发现。
（二）裁撤闲散的詹事府、通政司、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺、大理寺等衙门，裁撤“督抚同城”的湖北、广东、云南三省巡抚；裁减毫无战斗力的绿营兵，精练陆军；各省军队包括八旗兵一律改习洋枪，用新法练军；广开言路，允许各级官吏士绅上书皇帝。
（三）北京设立农工商总局、铁路矿务总局，各省设立商务局，推动工商、路矿事业的发展；提倡民办新式企业，允许组织商会；改革财政、整顿厘金，编制国家预算、决算，等等。
这些改革措施，虽然具有很大局限性，但是对先进的资本主义经济发展和文化传播，起了积极的促进作用。值得注意的是，这些改革虽然没有改变封建土地所有制，但是伴随改革的深入，8月后，准备开设制度局，审官定职，部分改革上层建筑机构。
部院大臣和地方督抚，对新政诏旨多是推诿敷衍。刚毅一向反对新政，常对光绪帝说：“此事重大，愿皇上请懿旨。”康有为感到：“上扼于西后，下扼于顽臣，变法之难如此！”被梁启超称为“身兼将相，权倾举朝”的荣禄，竟专折上奏慈禧，目无皇上，光绪帝束手无策。两江总督刘坤一、两广总督谭锺麟对“谕令筹办之事，并无一字覆奏。迨经电旨催问，刘坤一则借口部文未到，一电塞责；谭锺麟且并电旨未覆，置若罔闻”。由于守旧势力的顽固阻挠，变法诏书大多成了空文。
6月16日光绪帝赐见康有为，任命他在总理衙门章京上行走，特许“专折奏事”，从此得到参赞新政机会。在颐和园仁寿殿召对时，康有为针对守旧势力“掣肘”皇帝，推行变法难度很大的局面，建议“皇上勿去旧衙门，而惟增置新衙门，勿黜革旧大臣，而惟渐擢小臣………彼守旧大臣既无办事之劳，复无失位之惧，则怨谤自息矣”。这就是百日维新温和夺权的策略手段。
召见后，围绕着废除八股取士问题，新旧两种势力展开了激烈斗争。前一天，光绪帝亲到颐和园请示慈禧，次日——端午节那天，才公布《停止八股改试策论》上谕，这是维新变法的一个重大成果。梁启超说：“科举一变，则守旧之命脉已断。”7月初，一股恢复八股风从京城刮起，刚毅和礼部尚书、总理各国事务大臣许应骙乘这股妖风，唆使后党御史文悌上了《严参康有为折》，诋毁康有为“欲保中国四万万人，而置我大清国于度外”，“使四民解体，大盗生心”。自称“粗通二十六字母拼字之法”的文悌在同一奏折里，同样点名恶毒攻击了积极反对八股取士的帝党御史宋伯鲁、杨深秀二人，说他们“遍结言官，把持国事”。光绪帝看出了文悌“受人唆使”的背景，7月8日将他革去御史职务，支持了维新派。
7月3日，光绪帝召见“布衣”梁启超，赏六品卿衔，办理译书局事务，这表明帝党仍没有多大政治实力。9月4日，光绪帝下令将无理阻挠部员上书、公开反对新政的礼部尚书怀塔布、许应骙等六人全部罢官。第二天，下谕任命谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭为军机章京，赏四品卿衔，参预新政事宜。被当时称为四个“小军机”的任用和礼部六堂官的撤职，是百日维新中光绪帝亲自决定的一次人事大变动。接着，9月7日光绪帝又把反对新政的李鸿章、敬信等人从总理衙门除掉，接受维新派的建议准备讨论改革政权机构，逐步实现康有为等人关于“开制度局”的主张。
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