这时，新旧两党的斗争已达到空前激烈的程度，作为设国会的准备，先开懋勤殿，康有为预计推荐梁启超作顾问。
慈禧发动政变
这时，京津一带盛传太后、皇帝10月赴天津阅兵时机将发生兵变，废掉光绪帝。光绪和维新派深感大祸临头。维新派本身既脱离人民群众，又没有自己的武装力量，拿不出什么切实的对策，便想把拥有新建陆军的袁世凯拉过来对付荣禄。袁世凯，河南项城人，1859年出生于官僚地主家庭，早年投靠过淮军将领吴长庆，后几经钻营，于1895年以道员衔在天津小站训练新军，掌握了一支七千余人的新式武装，为荣禄等顽固派所信任和重视。同年，他又加入强学会进行投机，捞得了维新的假名声。虽然维新派中曾有人怀疑袁世凯不能信任，但在走投无路的情况下，他们把希望寄托在袁世凯身上，于是向光绪推荐了袁世凯。
9月中旬，政变已成密云欲雨之势。惊慌失措的光绪，于14日叫杨锐带出密诏，要康有为等人“妥速密筹，设法相救”，但密诏被吓坏了的杨锐搁置起来。16日，光绪召见袁世凯，赏以侍郎衔，专办练兵事宜。第二天，他又叫林旭带出第二道密诏，让康有为赶紧逃离北京。林旭将两道密诏一起带出，康有为、谭嗣同等人读了密诏，相对痛哭，束手无策。最后，他们决定还是继续拉袁，并乞求于英、日等帝国主义的支持，幻想借此来挽救败局。
在此之前，英、日等帝国主义分子为了和沙俄争霸的需要，曾装出一副“慈善”心肠，表示愿意“帮助”中国变法。维新派竟天真地相信了他们这些谎言，称赞英国是“救人之国”，并专折奏请联合英、日，企图以此抵抗顽固派。但此时帝国主义分子看到维新派败局已定，伊藤博文对光绪虚表“同情”，根本无意援助。康有为等人到外国驻华使馆进行活动，也毫无结果。于是，他们便把赌注全部押在袁世凯身上。
9月18日深夜，谭嗣同只身跑到袁世凯的寓所，劝袁世凯拥护光绪，杀掉荣禄，发动政变。这时，袁世凯拍着胸膛表示对光绪的忠诚，并说“诛荣禄如杀一狗耳”，却又表示事机紧迫，得先回天津进行部署。谭嗣同以为拉袁已经成功，满意而去。
9月20日，光绪再次召见袁世凯，袁也再次表达了自己的“忠心”。但当他晚上赶回天津时，却直奔荣禄的总督衙门告密。荣禄大惊失色，连夜专车进京，飞奔颐和园面告慈禧，反动政变发动。
21日凌晨，慈禧携带大批随从，自颐和园赶回皇宫，将光绪囚禁在中南海的瀛台，重新“垂帘听政”，并搜捕和屠杀维新派，派兵包围南海会馆，抓走了康广仁。康有为已于前一日离京赴沪，在英国保护下逃往香港。梁启超则在日人掩护下化装出京，由天津去日本。谭嗣同拒绝了当时人们要他出走日本的劝告，表示：“各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。”他把自己所著的诗文和书稿交给了准备逃往日本的梁启超，决心一死。28日，谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁、杨深秀六人，被杀于北京菜市口，时人称之为“戊戌六君子”。其他维新派和大批参与新政及倾向变法的官员，或罢官或放逐。严复因为没有实际参加“百日维新”，未被着实追究。政变后，新政措施除京师大学堂保留外，全部都被取消，慈禧又升荣禄为军机大臣，怀塔布为左都御史兼内务府大臣，许应骙任闽浙总督，李鸿章出督两广，袁世凯护理北洋大臣等。戊戌变法彻底失败。
慈禧上台后，命令各地广为张贴《劝善歌》，以遮掩人民耳目。其中美化慈禧：“太后佛爷真圣人，垂帘听政爱黎民。……圣心犹为天下计，忧国忧民常不眠。”北京等地群众讽刺它是“升官保命歌”，从这里也可以看出戊戌变法促进了人民的觉醒。
维新变法失败的原因
一场短命的戊戌维新的失败，固然由于以慈禧为代表的顽固势力的阻挠、镇压，但是，维新派本身存在的致命弱点，更值得重视。
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