波茨坦会议讨论的问题主要是：战后占领德国的基本政治原则、经济原则，德国和意大利的赔偿，分配德国的商船队和军舰，对待意大利和罗马尼亚、保加利亚、匈牙利、芬兰的政策（包括外交承认和参加联合国组织等），波兰西部疆界，控制黑海海峡，哥尼斯堡地区“让与”苏联，以及对战败国某些领土的“委任统治权”等一系列问题。
经过多次讨论，三国政府首脑对一些主要问题基本达成了协议，有些问题还有待进一步协商，分歧一时还不能完全消除。
就像历次三大国会议一样，三国代表团之间既有沉闷的、有时是非常激烈的辩论，也有轻松的、令人非常愉快的社交活动。
7月24日，在全体会议之后，杜鲁门走到斯大林跟前。他们单独谈起话来，只有翻译员在场。丘吉尔离他们大约只有5米，他密切注视着这个重要的谈话。
丘吉尔知道杜鲁门要说什么，他目不转睛地死盯着斯大林的面孔，看看有什么反应。他看到斯大林的样子似乎很高兴。
杜鲁门告诉斯大林，他们正在研究一种新型炸弹！威力非常大！可能对整个抗日战争有决定性作用！……
不一会儿，丘吉尔在等车时，发现杜鲁门就在他的身旁。
丘吉尔问杜鲁门：“事情怎么样？”
杜鲁门说：“他始终没有提出一个问题。”
于是，丘吉尔便肯定，斯大林在那一天，对于英美两国长期以来所从事的这项庞大的研究过程并没有特别了解，也不知道美国在生产原子弹这一豪迈的冒险事业。
然而，就在当天，斯大林会后回到住所时，就跟莫洛托夫谈到刚才与杜鲁门的谈话的内容。
最后，斯大林笑着对莫洛托夫说：“应该告诉库尔恰托夫加快我们工作的进度。”
1994年4月25日，美国《时代》周刊发表了《特殊使命》一书的摘要。
该书作者、苏联克格勃间谍头子帕维尔苏多普拉托夫披露了他们是如何窃取了原子弹秘密的。
此书说明，从1942年起，苏联的特工人员就一直跟踪美国的原子弹研制计划和工作进程，并取得了一切必要的情报和资料。
斯大林对此了如指掌，所以他对杜鲁门在波茨坦所说的“原子弹”，也就处之泰然了。
波茨坦会议按计划进行。
8月1日，苏、美、英三国政府首脑分别代表三国政府签署签订了《柏林会议议定书》。
《柏林会议议定书》载明了三国政府首脑就下列这些重要问题达成协议：成立苏、美、英、中、法五国外长会议以进行缔结和约的准备工作，在盟国管制初期关于处置德国的政治原则和经济原则,德国的赔偿，德国舰队和商船的处置，哥尼斯堡及其附近地区“让与”苏联，惩处战争罪犯，奥地利问题，波兰问题，缔结和约与接纳意、保、芬、匈、罗参加联合国组织，7月24日，杜鲁门把他随身带去的一份敦促日本投降的最后通牒草案交给了丘吉尔，征求丘的意见。
丘吉尔很快同意了公告的原则，并和杜鲁门一致认为，蒋介石应被邀参与发布这个文件，而且中国应被列为发起的政府之一。
7月25日，丘吉尔在离开波茨坦回国之前说，他同意由杜鲁门自行处理发布这个文件。
因为苏联当时尚未对日作战，故未签字。后来苏联出兵对日作战时，也正式在公告上签了字，所以又成了四国对日宣言。
《波茨坦公告》于1945年7月26日晚9时20分发表。发表之后，美国的宣传机构立即采用一切可能的方法对日本广播，并散发了几百万份传单，使日本人民知道公告的内容。
《波茨坦公告》说：“日本必须决定一途，彼将继续受其一意孤行、计算错误而使日本帝国陷于毁灭边沿之军人统制，抑或走向理智之路。开罗宣言之条件必将实施，而日本之主权必将限于本州、北海道、九州、四国及吾人所决定其他小岛之内。”
这份公告最后义正词严地警告日本：吾人通告日本政府立即宣布所有武装部队无条件投降，并对此种行动之诚意予以适当及充分之保证。除此一途，日本即将迅速完全毁灭。
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