就在大阪城完成的1585年，也就是秀吉五十岁那一年，他改姓藤原，升任代表朝廷最高权势的关白一职。这关白一职，自古以来，都由藤原氏所独占，特别是藤原家的近卫、鹰司、九条、二条、一条，称为五摄家。因此秀吉乃先认前关白近卫前久为乾爹（近卫亦为藤原一族），然後才晋升关白。
至於，为何秀吉不担任征夷大将军而去当朝廷的关白一职，虽然有种种说法，但其实当时的战国武将，一听到朝廷要赐给他们虚有其名的官位，都会感动得流泪。所以秀吉晋升关白，自然会感到无限的光荣。晋升关白後的翌（1586）年，就在後阳成天皇即位的那一天，秀吉晋升律令制度下的最高官位太政大臣。关白一职虽然代表最高权势，但从正统的律令制度来看，仍属令外之官，从此看来，秀吉拟依律令制度的官位重建天下秩序。另一方面，或许秀吉认为藤原这个姓太过老旧，无法显现出他是历史上最大的伟人，因此秀吉又获得天皇的许可改姓丰臣，象徵日本统治者的丰臣秀吉於焉诞生。
就在长久的战乱接近尾声，人们欢欣鼓舞地迎接和平的日子来临时，1592（文禄元年）正月，丰臣秀吉突然发布出兵朝鲜的命令。秀吉的野心不止於朝鲜，他最终的目的是要征服明朝，甚至想要将帝国的版图扩大到印度、东南亚。虽然有人说秀吉出兵朝鲜的动机，是由於他丧失了最心爱的三岁大的儿子鹤松（1591年），但是在这之前，他已经向传教士说过要出兵朝鲜，所以这个说法是不成立的。比较可靠的说法是，没有一个封建领主不想扩大自己的领土，而且丰臣秀吉统一了日本之後，已经没有领地可以犒赏有功的将领。如果占领了中国，当然不愁没有领地可以分发。就在出兵朝鲜的前後，秀吉分别写信给琉球（1590年）、菲律宾（1591年）、高山国（台湾，1593年），要求服从朝贡。当时的台湾正是中国等海盗的根据地，是军事、贸易、交通的要冲。
秀吉的军队在攻打朝鲜二十天後，已经攻陷汉城，可谓势如破竹，日军的致胜关键在於拥有先进的欧式火枪。就在秀吉得意忘形之际，朝鲜的游击队开始在各地反击，名将李舜臣更率领朝鲜的水军，以龟甲船及船炮震天雷大破日本的军队，控制了制海权。进入严寒的冬天之後，明朝的救援军队又赶到朝鲜，日军在饥寒交迫中牺牲惨重，厌战气氛弥漫。
秀吉本来想要谈和，但是1596年9月1日看到明使的国书，上面写着要封秀吉为日本国王，并将日本当作明朝的属国。秀吉看了之後暴跳如雷，当天晚上发布命令，再度出征朝鲜。这次的出兵军队只有十四万，而且仅能占据朝鲜的最南端。在第二次出兵的前後，日军队朝鲜民众的残害更加激烈，而且日军为了争取战功，将战死的朝鲜军队的鼻子、耳朵割下，用盐醋防腐寄回日本给丰臣秀吉，由於以数量记功，所以很多无辜的老弱妇孺都受到残害。这些鼻子与耳朵埋葬在京都方广寺大佛的西侧，今日则称为鼻冢。至今，韩国人一提到丰臣秀吉，莫不咬牙切齿。
秀吉的军队除了杀害朝鲜军民之外，又强行押解五、六万朝鲜俘虏到日本耕作。除了农民之外，日军还强押大量的陶艺、印刷、刺绣等师匠到日本来，使得日本的陶艺水准大举提高。铜活字的传来，更带动了日後江户时代的出版风潮。朱子学者姜沆则带给日本的朱子学莫大的影响。这是侵略战争无意中的文化产物。
在征服朝鲜的军队陷入苦战之时，丰臣秀吉将自己的关白一职让给外甥秀次，自己则引退，成为退休的太阁。可是在1593年8月，也就是秀吉五十八岁那年，爱妾淀殿又再生下一子，秀吉欣喜若狂，取名拾，亦即後来的秀赖。就在秀吉为如何替儿子的未来铺路而伤脑筋时，秀次为了讨好朝廷，献上大量的金银财宝。秀吉得知之後，即以谋反的罪名命他切腹，并将秀次的妻妾子女三十馀人斩首，据说当时鲜血染红了京都的鸭川。
1594年，秀吉五十九岁时，关白秀次的文书官在日记中记载，秀吉在晚上睡觉时尿床而不自觉。为了防止**老化，秀吉乃命令朝鲜的将士捕捉老虎给他进补。尽管吃了大量的虎肉与老虎的内脏，然而秀吉的健康状况仍然没有好转。
到了1598年，秀吉的身体情况稍好，乃於3月15日在山城的醍醐（位於京都市伏见区）举行盛大的赏花大会。其规模远比十一年前在北野（位於京都市上京区）举行的茶道大会还盛大。然而与北野的茶道大会不同的是，当年的茶道大会，贩夫走卒都可以自由叁加，而这次的赏花大会却是戒备森严，彷佛暗示着世人对丰臣政权的不满。
到了七月一日，秀吉梦到织田信长来对他说：藤吉郎，你的时候差不多到了，我来迎接你。秀吉回答说：藤吉郎替主君报仇，是为了报答主君的恩惠。请主君再稍等一段时间。信长猛拉着秀吉说：不！我的孩子被你害得很惨，一想到这件事，我就等不下去了，快点过来！秀吉醒来，发觉自己已经爬离床位了。
自从作了这个梦之後，秀吉自己知道来日不多，他最担心的仍是爱子秀赖的未来。八月五日，秀吉将五大老（德川家康、前田利家、毛利辉元、宇喜多秀家、上杉景胜）叫到床边，不停地说：拜托各位一定要照顾秀赖。八月十八日，秀吉终於在伏见城内结束他那波涛汹涌的一生，享年六十三岁。他留下一首辞世歌：
随露珠凋零，随露珠消逝，此即吾身。大阪的往事，宛如梦中之梦。
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