在中南南沙海战爆发后，中国人民解放军总参谋部便加快了原台湾军队的改编工作，最终在4月底完成了改编工作，于5月1日正式宣布原台湾省的军队改编为澎湖军区。中国人民解放军总参谋部在深思熟虑后决定放弃了之前拟定的太平洋军区的称谓而改为了较为保守的澎湖军区这个名称，并且这个军区司令部就设立在澎湖地区，使用澎湖军区这个名称也更加符合一些。
在整个改编过程中，难度最大的当属人数众多、编制繁杂的原台湾陆军部队，经过总参谋部与原台湾陆军参谋部的联合研究，最终原台湾陆军被改编为第6集团军和第8集团军两个集团军司令部。其中第6集团军为机动作战部队司令部，下辖改编后的第200摩步旅，第269摩步旅，第564装甲旅，第66陆战旅，第601空骑旅，第862伞兵旅，是澎湖军区乃至中**队面向西太平洋地区的快速反应部队。第8集团军为支援作战司令部，下辖第298摩步旅，第373机步旅，第586装甲旅，第129步兵旅，第158步兵旅，第195步兵旅，第8炮兵旅，主要负责台湾本岛的防御作战和支援第6集团军的作战。
原台湾陆军保留下来的13个旅都是按照满员旅的状态进行编制的，鉴于原台湾陆军缺乏先进的主战坦克，在改编的时候，中国人民解放军总装备部特意调集了200辆的96A主战坦克送到了澎湖军区，用于装备澎湖军区三个摩步旅的装甲营。而原台湾陆军装备的武器每个型号都挑出了一部分送到了总装备部的武器试验场进行试验，对于大陆军队来说这是一个极其难得的研究西方先进武器装备的机会，同时也是一个了解中**队最为强大的对手的机会。
原台湾空军下辖的6个战斗机联队和1个指挥部被改编为了六个战斗机联队，其中第5战斗机联队将被划归到华南空军的战斗序列之中，第7战斗机联队将被划归到华北空军，第2战斗机联队划归到中原空军；剩余的第1、3、4战斗机联队和第4独立侦察机中队、第20电子战中队组建为澎湖空军的第52航空师。原台湾空军的第101空运大队将直属于澎湖空军司令部。第52航空师将与部署在澎湖和福建的第14航空师和第29航空师一起支撑起台湾上空的防空网。
原台湾海军的变动最小，只是打乱了之前的编制，使得变革之后澎湖舰队更加适合应对周边地区的突**况。同时为了加强澎湖舰队的战斗力，原东海舰队抽调了一个039A常规潜艇中队、一个056轻型护卫舰中队和一个022导弹艇大队加强到了澎湖舰队。
“张师长，改编之后的中**队还是称为中国人民解放军吗？还是其他的称谓？两岸已经统一，解放军这个称谓是否会更改。”一名“海虎”特战大队的上尉开口问道。
张进勇大校注意到12名“海虎”特战队员的脸色都比较复杂，兴奋中带着一丝的失落。张进勇大校能够理解他们的感受，台湾军队是继承的中国国民革命军的老底子，他们的战史同样值得骄傲，在八年抗战中，他们的前辈们同样为中华民族的独立流尽了最后一滴血。现在这支部队被改编了，为了祖国的统一大业，他们放弃了辉煌了数十的番号，与曾经的对手合并成了同一支部队，共同支撑起共和国的安全保护伞。
“大陆与台湾统一了，但我们解放军的任务并没有结束。”张进勇大校严肃地说道，他指着西北方向，“那里的藏南，北方的外蒙古，还有阻拦着中国舰队进入太平洋的琉球群岛！”
在场的所有官兵都被张进勇大校的话语所吸引，12名“海虎”特战队员更是目不转睛地盯着张进勇大校，张进勇大校的手指指着东北方向豪气万丈，“这些地方都还处于他国的占领之下，等待着我们前去解放！”
在场的12名“海虎”特战队员为之一震，他们庄严地佩戴好最新的臂章，向着身后飘扬的五星红旗和八一军旗庄重地敬着军礼。
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