但是加持良治的事件，让碇源堂决定加快动作。
于是他先是利用可以给予人类阴影的使徒，让明日香脆弱的内心出现裂痕，当然因为恭子的关系，加上王平的调教。
如今的明日香其实没受影响，但是王平刻意让明日香装死。
将明日香排除出场之后，然后碇源堂再度动作。
因为现在这位凌波零与碇真嗣感情逐渐融洽，与明日香的默契也越来越好，碇源堂决定换一个出来。
于是新的使徒再度出现，将零号机困住逼她自爆，这时那怕碇真嗣出手也来不及了。
但是在零号机要爆炸时，王平利用空间瞬移救出这位凌波零，而随着第三位凌波零的出现，赤木律子如原剧情般出场，并且在碇真嗣面前揭露复制人的事实，然后毁掉了复制人的机器。
与碇源堂目的不同，碇源堂是为了逼碇真嗣。
因此毫不犹豫地卖掉第二次的凌波零，不过王平需要的是优良的操控者，而很明显有丰富经验的第二位是最好的选择。
因此王平故意隐瞒一切，将第二位凌波零救出来。
“呃！……进……进来了啊！……呃啊！！……喔！……呀！”在王平租下来的房间中，凌波零躺在床上发出了呻吟，王平抱着她的身体将她压在床上，粗大的肉棒直接插入她的处女小穴，蜜穴一瞬间被粗大肉棒撑开，晶莹泪珠瞬间从凌波零的眼角滑落，可是随着王平的抽插，快感逐渐让少女呻吟浪叫起来了。
“咿呀！！……呃啊啊！！……喔啊啊啊！！……喔吼吼吼！……哈啊啊啊！”凌波零发出了激烈的呻吟，随着王平的肉棒用力插入她的子宫，大量的精液冲击子宫壁，剧烈的快感再一次的从下体冲上了凌波零的大脑，身体像是被电击棒插入下体一般不断的抽蓄痉挛，在子宫被精液中出的冲击下，凌波零疯狂的高潮浪叫着，最后更是承受不了快感的冲击，整个人当场昏死过去了。
而在王平搞定凌波零的时候，碇源堂对儿子的必杀一击来了，那就是似男似女的渚薰终于出现了。
作为最开始对自己释放善意的存在，加上对方那完美的容貌，都让碇真嗣的内心为之冲动，甚至假如对方是男的，碇真嗣一定会被掰歪。
但是这其实都是碇源堂的阴谋，而渚薰一开始其实是对人类友好的。
可是他发现所谓人类补完计画是毁灭世界时，他自然非常不爽地发动攻击。
偏偏这一切都落入碇源堂的算计，于是碇真嗣在毫不知情的状态下，以为渚薰要对基地发动攻击。
于是利用初号机将他击杀，内心也终于几乎崩溃了，而这时后碇源堂也释放最强杀招。
于是如最后一战般，无数EVA再度出现了，不过王平终于驾驶亚洛冈兹出现了，救出了被包围的明日香，而碇源堂被赤木律子毫不犹豫从背后爆头，而MAGI的程式在蓝羽浅葱帮忙下，暂时连同大脑被安置在特殊的容器中。
但是意外发生了，王平还是忽视了碇真嗣脆弱的心灵。
因此在明日香与葛城美里打算唤醒碇真嗣时，这家伙还是又一次丢出枪了，王平能做的只有用魔法盾缓和了朗基狗斯枪的威力。
但是规则之力是王平完全无法抵抗的。
于是只是缓冲了一下世界还是重启了。
王平非常不爽的决定暂时放弃，碇真嗣那脆弱的内心完全没有救了，带着几位美女暂时返回深渊了，结束这两次失败的旅程了，当然赤木律子很快就加入研究所，葛城美里则是接受成为指挥官的训练，明日香与绫波零则是驾驶着王平利用魔法与科技创造出来，可以用精神控制的大型机器人，几人在深渊开始新的生活了。
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